PDB-2kux: Solution structure of the cyclotide kalata B5 from Oldenlandia affinis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kux

タイトル

Solution structure of the cyclotide kalata B5 from Oldenlandia affinis

要素

Kalata-B5

キーワード

PLANT PROTEIN / cyclotide / plant defense peptide / circular backbone / Disulfide bond / Knottin / Plant defense

機能・相同性

Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Kalata-B5

機能・相同性情報

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Rosengren, K.J. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characteristics of the cyclotide kalata B5 from Oldenlandia affinis
著者: Plan, M.R. / Rosengren, K.J. / Sando, L. / Daly, N.L. / Craik, D.J.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kux.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kux.ent.gz	131.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kux_validation.pdf.gz	342.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kux_full_validation.pdf.gz	413.3 KB	表示
XML形式データ	2kux_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	2kux_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/2kux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/2kux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2eri-d 1vb8-d 1nbj-d 2mg9-d 7kpd-d 2m9o-d 2gj0-d 6wqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B5

3.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B5 分子量: 3086.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P58456
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution structure of backbone cyclic plant peptide kalata B5. This peptide is head-to-tail cyclic, i.e. has a peptide bond between the N and C terminus.

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1-2mM Kalata-B5, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: Kalata-B5 / Conc. range: 1-2
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR		Bruker Biospin	collection
XwinNMR		Bruker Biospin	解析
XEASY		Bartels et al.	データ解析
DYANA		Guntert, Braun and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using torsion angle dynamics and subsequently refined by cartesian coordinate dynamics and powell minimization in explicit solvent using CNS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)