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万見
- PDB-2kua: Solution structure of a divergent Bcl-2 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kua
タイトルSolution structure of a divergent Bcl-2 protein
要素Bcl-2-like protein 10
キーワードAPOPTOSIS / Boo / Diva / Bcl-2 / BH3-only / Membrane / Mitochondrion / Nucleus / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / caspase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / nuclear membrane / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 / protein heterodimerization activity ...mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / caspase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / nuclear membrane / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 / protein heterodimerization activity / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Rautureau, G.J. / Day, C.L. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: The structure of Boo/Diva reveals a divergent Bcl-2 protein.
著者: Rautureau, G.J. / Day, C.L. / Hinds, M.G.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5071
ポリマ－19,5071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 10 / Bcl2-L-10 / Apoptosis regulator Bcl-B / Anti-apoptotic protein Boo / Bcl-2 homolog Diva


分子量: 19507.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Boo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z0F3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-13C NOESY
11013D H(CCO)NH

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試料調製

詳細内容: 50mM sodium phosphate-1, 50mM sodium chloride-2, 1.5mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Bcl-2-3, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate-11
50 mMsodium chloride-21
1.5 mMBcl-2-3[U-95% 13C; U-95% 15N]1
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA 2.1
NMR constraintsNOE constraints total: 3011 / NOE intraresidue total count: 670 / NOE long range total count: 759 / NOE medium range total count: 730 / NOE sequential total count: 852 / Hydrogen bond constraints total count: 132 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 130 / Protein psi angle constraints total count: 130
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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