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- PDB-2ksr: NMR structures of TM domain of the n-Acetylcholine receptor b2 subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksr
タイトルNMR structures of TM domain of the n-Acetylcholine receptor b2 subunit
要素Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / nicotinic acetylcholine receptors / transmembrane domain / HFIP / Cell junction / Cell membrane / Disease mutation / Disulfide bond / Epilepsy / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Polymorphism / Postsynaptic cell membrane / Synapse / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / optic nerve morphogenesis / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / central nervous system projection neuron axonogenesis ...vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / optic nerve morphogenesis / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / central nervous system projection neuron axonogenesis / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / regulation of dopamine metabolic process / acetylcholine-gated channel complex / positive regulation of dopamine secretion / negative regulation of action potential / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cation channel complex / acetylcholine binding / nervous system process / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor complex / postsynaptic specialization membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse assembly / heterocyclic compound binding / regulation of dopamine secretion / social behavior / associative learning / B cell activation / plasma membrane raft / membrane depolarization / smooth muscle contraction / monoatomic ion transport / positive regulation of B cell proliferation / sensory perception of pain / visual perception / learning / locomotory behavior / response to nicotine / sensory perception of sound / response to cocaine / visual learning / memory / cognition / calcium ion transport / presynaptic membrane / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / response to ethanol / response to hypoxia / neuron projection / external side of plasma membrane / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Bondarenko, V. / Tillman, T. / Xu, Y. / Tang, P.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: NMR structure of the transmembrane domain of the n-acetylcholine receptor beta2 subunit.
著者: Bondarenko, V. / Tillman, T. / Xu, Y. / Tang, P.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4741
ポリマ－18,4741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2


分子量: 18474.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNB2 / プラスミド: pTBSG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17787

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CO)CA
1413D HNCA
1513D HNCO
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1812D 1H-1H NOESY
1913D CBCA(CO)NH
11022D 1H-15N HSQC
11122D 1H-13C HSQC
11223D HNCA
11323D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TM123, 50% HFIP/50% H2O50% HFIP/50% H2O
20.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TM1234, 50% HFIP/ 50% H2O50% HFIP/ 50% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMTM123[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.2 mMTM1234[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 3.8 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, P. et al.構造決定
CYANA2.1Guntert, P. et al.chemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, P. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1454 / NOE intraresidue total count: 524 / NOE long range total count: 27 / NOE medium range total count: 389 / NOE sequential total count: 514
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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