PDB-2ksl: Structure of the insecticidal toxin TaITX-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ksl

タイトル

Structure of the insecticidal toxin TaITX-1

要素

U1-agatoxin-Ta1a

キーワード

TOXIN / insecticidal toxin / spider toxin / neurotoxin / crustacean hyperglycemic hormone / molt-inhibiting hormone / Disulfide bond / Secreted

機能・相同性

Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone - #20 / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone / toxin activity / Orthogonal Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / U1-agatoxin-Ta1a

機能・相同性情報

生物種

Tegenaria agrestis (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

BEST MOLPROBITY SCORE, model 1

データ登録者

Mobli, M. / King, G.F.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Weaponization of a Hormone: Convergent Recruitment of Hyperglycemic Hormone into the Venom of Arthropod Predators
著者: Undheim, E.A. / Grimm, L.L. / Low, C.F. / Morgenstern, D. / Herzig, V. / Zobel-Thropp, P. / Pineda, S.S. / Habib, R. / Dziemborowicz, S. / Fry, B.G. / Nicholson, G.M. / Binford, G.J. / Mobli, M. / King, G.F.

履歴

登録	2010年1月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年10月3日	Group: Structure summary
改定 1.3	2015年6月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ksl.cif.gz	365 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ksl.ent.gz	314.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ksl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ksl_validation.pdf.gz	332.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ksl_full_validation.pdf.gz	360.7 KB	表示
XML形式データ	2ksl_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	2ksl_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2munC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vb0-d 1onj-d 2bn8-d 1l3x-d 1yg3-d 5ebx-d 1fra-d 1vbw-d 1bj6-d 3mye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16667

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: U1-agatoxin-Ta1a

5.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 200	BEST MOLPROBITY SCORE
代表モデル	モデル #1	best molprobity score

#1: タンパク質	U1-agatoxin-Ta1a / U1-AGTX-Ta1a / Paralytic insecticidal toxin 1 / TaITX-1 分子量: 5781.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tegenaria agrestis (クモ) 解説: The toxin was produced by overexpression in the periplasm of Escherichia coli. 遺伝子: ITX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O46166

#1: タンパク質

U1-agatoxin-Ta1a / U1-AGTX-Ta1a / Paralytic insecticidal toxin 1 / TaITX-1

分子量: 5781.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Tegenaria agrestis (クモ)
解説: The toxin was produced by overexpression in the periplasm of Escherichia coli.
遺伝子: ITX1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O46166

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the insecticidal neurotoxin TaITX-1 determined using heteronuclear NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D CBCA(CO)NH
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	4D HCC(CO)NH
1	6	1	2D 1H-15N HSQC
1	7	2	3D 1H-13C NOESY

NMR実験の詳細

Text: Mixing times were 200 ms (3D NOESY) and 12 ms (4D HCC(CO)NH).

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	150 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ta1a-1, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	150 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ta1a-2, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
150 uM	Ta1a-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
150 uM	Ta1a-2	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 1 / pH: 4.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	noesy assignment
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	構造決定
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 574 / NOE intraresidue total count: 183 / NOE long range total count: 88 / NOE medium range total count: 137 / NOE sequential total count: 166 / Disulfide bond constraints total count: 9 / Hydrogen bond constraints total count: 36 / Protein chi angle constraints total count: 20 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 37 / Protein psi angle constraints total count: 36

代表構造

選択基準: best molprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: BEST MOLPROBITY SCORE / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)