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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ksg | ||||||
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タイトル | Solution structure of dermcidin-1L, a human antibiotic peptide | ||||||
要素 | Dermcidin | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / antibiotic peptide / peptide-membrane interaction / amphipathic alpha helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / 抗微生物ペプチド / defense response to fungus / monoatomic ion channel activity / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / タンパク質分解 / RNA binding ...killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / 抗微生物ペプチド / defense response to fungus / monoatomic ion channel activity / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / タンパク質分解 / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model 17 | ||||||
データ登録者 | Jung, H. / Yang, S. / Kim, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure and membrane interactions of dermcidin-1L, a human antibiotic peptide 著者: Jung, H. / Yang, S. / Kim, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ksg.cif.gz | 310.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ksg.ent.gz | 265.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ksg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4826.503 Da / 分子数: 1 / 断片: DCD-1, residues in UNP 63-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCD, AIDD, DSEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81605 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 50% [U-99% 2H] TFE-1, 10% [U-99% 2H] D2O-2, 40% H2O-3, trifluoroethanol/water 溶媒系: trifluoroethanol/water | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 4.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 0 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 17 |