PDB-2ksg: Solution structure of dermcidin-1L, a human antibiotic peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ksg

タイトル

Solution structure of dermcidin-1L, a human antibiotic peptide

要素

Dermcidin

キーワード

ANTIBIOTIC / antibiotic peptide / peptide-membrane interaction / amphipathic alpha helix

機能・相同性

機能・相同性情報

killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Antimicrobial peptides / monoatomic ion channel activity / defense response to fungus / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / proteolysis / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

Model details

closest to the average, model 17

データ登録者

Jung, H. / Yang, S. / Kim, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure and membrane interactions of dermcidin-1L, a human antibiotic peptide
著者: Jung, H. / Yang, S. / Kim, J.

履歴

登録	2010年1月4日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ksg.cif.gz	310.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ksg.ent.gz	265.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ksg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ksg_validation.pdf.gz	339.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ksg_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	2ksg_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2ksg_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/2ksg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sbw-d 2em3-d 2ikd-d 2lji-d 3mts-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (5) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dermcidin

4.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Dermcidin / Preproteolysin / Survival-promoting peptide / DCD-1 分子量: 4826.503 Da / 分子数: 1 / 断片: DCD-1, residues in UNP 63-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCD, AIDD, DSEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81605

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-15N TOCSY
1	4	1	3D HNHA

-
試料調製

詳細

内容: 50% [U-99% 2H] TFE-1, 10% [U-99% 2H] D2O-2, 40% H2O-3, trifluoroethanol/water
溶媒系: trifluoroethanol/water

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
50 %	TFE-1	[U-99% 2H]	1
10 %	D2O-2	[U-99% 2H]	1
40 %	H2O-3		1

試料状態

pH: 4.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		Brunger A. T. et.al.	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 17

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)