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- PDB-2ksc: Solution structure of Synechococcus sp. PCC 7002 hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksc
タイトルSolution structure of Synechococcus sp. PCC 7002 hemoglobin
要素Cyanoglobin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hemeprotein / 2/2 hemoglobin / GlbN / trHbN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / Group 1 truncated hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsminimized average, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Vuletich, D.A. / Falzone, C.J. / Lecomte, J.T.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Functional and structural characterization of the 2/2 hemoglobin from Synechococcus sp. PCC 7002.
著者: Scott, N.L. / Xu, Y. / Shen, G. / Vuletich, D.A. / Falzone, C.J. / Li, Z. / Ludwig, M. / Pond, M.P. / Preimesberger, M.R. / Bryant, D.A. / Lecomte, J.T.
#1: ジャーナル: BIOMOL.NMR ASSIGN. / 年: 2009
タイトル: (1)H, (15)N, and (13)C resonance assignments of the 2/2 hemoglobin from the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002 in the ferric bis-histidine state
著者: Pond, M.P. / Vuletich, D.A. / Falzone, C.J. / Majumdar, A. / Lecomte, J.T.J.
履歴
登録2010年1月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3612
ポリマ－13,7421
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 Cyanoglobin


分子量: 13742.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: glbN, SYNPCC7002_A1621 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RT58
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D 1H-15N NOESY
1243D 1H-13C NOESY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H NOESY
1533D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM holoprotein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-4 mM holoprotein, 100% D2O100% D2O
31-2 mM [U-100% 15N] holoprotein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.6-1.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] holoprotein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMholoprotein-11-21
mMholoprotein-21-42
mMholoprotein-3[U-100% 15N]1-23
mMholoprotein-4[U-100% 13C; U-100% 15N]0.6-1.44
試料状態イオン強度: 0.025 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.23Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.23Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 100 conformers, 30 conformers from 3/100 lowest energy DGSA refined conformers
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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