手法: 溶液NMR 詳細: this is a 5 conformation ensemble structure of SP-NK1 complex modeled running Autodock using experimental solution conformation of SP in DMPC/CHAPS bicelles from XPLOR-NIH
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D 1H-1H TOCSY
1
2
1
2D 1H-1H NOESY
1
3
1
2D DQF-COSY
-
試料調製
詳細
内容: 3.7 mM Substance P-1, 18.5 mM DMPC-2, 74.0 mM CHAPS-3, unapplicable mM H2O-4, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
単位
構成要素
Solution-ID
3.7mM
Substance P-1
1
18.5mM
DMPC-2
1
74.0mM
CHAPS-3
1
mM
H2O-4
1
試料状態
イオン強度: minimum / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
SPARKY-win32
ThomasGoddard
解析
XPLOR-NIH
2.17.0
CharlesSchwieters
構造決定
AutoDock
4
ArthurJ. Olson
構造決定
XPLOR-NIH
2.17.0
CharlesSchwieters
geometryoptimization
AutoDock
4
ArthurJ. Olson
geometryoptimization
AutoDock
4
ArthurJ. Olson
精密化
精密化
手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: substance P with NK1, substance P in DMPC/CHAPS bicelles from XPLOR; The structures are produced after docking using AUTODOCK using experimental NMR on Chain B