[日本語] English
万見
- PDB-2kr6: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kr6
タイトルSolution structure of presenilin-1 CTF subunit
要素Presenilin-1
キーワードHYDROLASE / protease / Alternative splicing / Alzheimer disease / Amyloidosis / Apoptosis / Cell adhesion / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Neurodegeneration / Notch signaling pathway / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of core promoter binding / positive regulation of coagulation / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / protein catabolic process at postsynapse / Noncanonical activation of NOTCH3 / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of core promoter binding / positive regulation of coagulation / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / protein catabolic process at postsynapse / Noncanonical activation of NOTCH3 / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / synaptic vesicle targeting / negative regulation of axonogenesis / regulation of resting membrane potential / choline transport / T cell activation involved in immune response / skin morphogenesis / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / growth factor receptor binding / regulation of synaptic vesicle cycle / dorsal/ventral neural tube patterning / neural retina development / myeloid dendritic cell differentiation / L-glutamate import across plasma membrane / Regulated proteolysis of p75NTR / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of phosphorylation / locomotion / brain morphogenesis / nuclear outer membrane / amyloid precursor protein metabolic process / skeletal system morphogenesis / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of canonical Wnt signaling pathway / embryonic limb morphogenesis / aggresome / cell fate specification / ciliary rootlet / azurophil granule membrane / regulation of postsynapse organization / positive regulation of amyloid fibril formation / mitochondrial transport / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of receptor recycling / blood vessel development / regulation of neuron projection development / heart looping / amyloid precursor protein catabolic process / cerebral cortex cell migration / protein glycosylation / amyloid-beta formation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / membrane protein ectodomain proteolysis / autophagosome assembly / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / neuron development / somitogenesis / smooth endoplasmic reticulum / hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / calcium ion homeostasis / Nuclear signaling by ERBB4 / rough endoplasmic reticulum / Notch signaling pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection maintenance / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Degradation of the extracellular matrix / post-embryonic development / positive regulation of glycolytic process / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / negative regulation of protein phosphorylation / cerebellum development / thymus development / epithelial cell proliferation / apoptotic signaling pathway / dendritic shaft / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / PDZ domain binding / neuron migration / synapse organization / neuromuscular junction / calcium channel activity / regulation of synaptic plasticity / sarcolemma / memory / kinetochore / beta-catenin binding / protein processing / cell-cell adhesion / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of protein import into nucleus / neuron cellular homeostasis / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
Presenilin / Peptidase A22A, presenilin 1 / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / Cyclin A; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Doetsch, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit
著者: Doetsch, V.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Presenilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4461
ポリマ－19,4461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Presenilin-1 / PS-1 / Protein S182


分子量: 19445.869 Da / 分子数: 1 / 断片: Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD3, PS1, PSEN1, PSNL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49768, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D HNCA

-
試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: ps1ctf-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504

-
解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 3 / 開発者: P.GUNTERT ET AL. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る