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万見
- PDB-2kr6: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kr6
タイトルSolution structure of presenilin-1 CTF subunit
要素Presenilin-1
キーワードHYDROLASE / protease / Alternative splicing / Alzheimer disease / Amyloidosis / Apoptosis / Cell adhesion / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Neurodegeneration / Notch signaling pathway / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / Noncanonical activation of NOTCH3 / protein catabolic process at postsynapse / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / Noncanonical activation of NOTCH3 / protein catabolic process at postsynapse / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / synaptic vesicle targeting / negative regulation of axonogenesis / positive regulation of coagulation / growth factor receptor binding / choline transport / T cell activation involved in immune response / skin morphogenesis / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / dorsal/ventral neural tube patterning / neural retina development / regulation of resting membrane potential / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of phosphorylation / Regulated proteolysis of p75NTR / myeloid dendritic cell differentiation / brain morphogenesis / locomotion / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of postsynapse organization / embryonic limb morphogenesis / cell fate specification / astrocyte activation involved in immune response / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / aggresome / azurophil granule membrane / skeletal system morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ciliary rootlet / positive regulation of amyloid fibril formation / protein glycosylation / blood vessel development / mitochondrial transport / amyloid-beta formation / heart looping / amyloid precursor protein catabolic process / regulation of neuron projection development / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of receptor recycling / cerebral cortex cell migration / nuclear outer membrane / membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / autophagosome assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron development / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / somitogenesis / smooth endoplasmic reticulum / hematopoietic progenitor cell differentiation / Nuclear signaling by ERBB4 / calcium ion homeostasis / NRIF signals cell death from the nucleus / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / rough endoplasmic reticulum / Degradation of the extracellular matrix / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / thymus development / cerebellum development / positive regulation of glycolytic process / dendritic shaft / epithelial cell proliferation / post-embryonic development / PDZ domain binding / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / synapse organization / sarcolemma / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / neuromuscular junction / regulation of synaptic plasticity / kinetochore / protein processing / calcium channel activity / positive regulation of protein import into nucleus / memory / neuron cellular homeostasis / neuron migration / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction
類似検索 - 分子機能
Presenilin / Peptidase A22A, presenilin 1 / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / Cyclin A; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Doetsch, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit
著者: Doetsch, V.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Presenilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4461
ポリマ－19,4461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Presenilin-1 / PS-1 / Protein S182


分子量: 19445.869 Da / 分子数: 1 / 断片: Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD3, PS1, PSEN1, PSNL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49768, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D HNCA

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: ps1ctf-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 3 / 開発者: P.GUNTERT ET AL. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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