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- PDB-2kqf: Solution structure of MAST205-PDZ complexed with the C-terminus o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kqf
タイトルSolution structure of MAST205-PDZ complexed with the C-terminus of a rabies virus G protein
要素
  • C-terminal motif from Glycoprotein
  • Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ domain / MAST205 / kinase / PDZ complex and viral peptide / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatid differentiation / regulation of interleukin-12 production / phosphatase binding / cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...spermatid differentiation / regulation of interleukin-12 production / phosphatase binding / cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / viral envelope / virion membrane / magnesium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain ...Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 2 / Glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Terrien, E. / Wolff, N. / Cordier, F. / Simenel, C. / Bernard, A. / Lafon, M. / Delepierre, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments of the PDZ of Microtubule-associated serine/threonine kinase 205 (MAST205) in complex with the C-Terminal motif from the rabies virus glycoprotein
著者: Terrien, E. / Wolff, N. / Cordier, F. / Simenel, C. / Bernard, A. / Lafon, M. / Delepierre, M. / Buc, H. / Prehaud, C. / Lafage, M.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 2
B: C-terminal motif from Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9292
ポリマ－11,9292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 2


分子量: 10451.940 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAST205 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q6P0Q8
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal motif from Glycoprotein


分子量: 1476.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: Q8JJY9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HNHA
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11213D HN(COCA)CB
11313D 13C-selected/12C,14N-selected NOESY
11413D 15N-selected/12C,14N-selected NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.6mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.6 mMentity_2-21
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
VnmrJVariancollection
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1106 / NOE intraresidue total count: 480 / NOE long range total count: 251 / NOE medium range total count: 111 / NOE sequential total count: 264 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 50 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum upper distance constraint violation: 0.812 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0672 Å / Distance rms dev error: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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