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万見
- PDB-2kpm: Solution NMR Structure of uncharacterized protein from gene locus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kpm
タイトルSolution NMR Structure of uncharacterized protein from gene locus NE0665 of Nitrosomonas europaea. Northeast Structural Genomics Target NeR103A
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / methods development / uncharacterized protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity
類似検索 - 分子機能
NYN domain, MARF1-type / NYN domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH OST-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rossi, P. / Belote, R. / Jiang, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Acton, T. / Everett, J. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of uncharacterized protein from gene locus NE0665 of Nitrosomonas europaea. Northeast Structural Genomics Target NeR103A
著者: Rossi, P. / Xiao, R. / Acton, T. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9391
ポリマ－11,9391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11939.336 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 174-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア)
遺伝子: NE0665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q82WK8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D (H)CCH-COSY
1513D CCH-TOCSY
1613D HNCO
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D CBCA(CO)NH
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11213D HN(CA)CO
11313D HNCA
1142het-NOE
1152T1-pseudo2D
1162T2CPMG-pseudo2D
1172high-resC13-HSQC
11811D presat referencing
11911D presat referencing
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2(CPMG). CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT OF MONOMERIC UNIT.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.957 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 200 mM sodium chloride, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 200 mM sodium chloride, 20 mM MES, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.957 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
200 mMsodium chloride-21
20 mMMES-31
10 mMDTT-41
0.02 %sodium azide-51
5 mMCalcium Chloride-61
50 uMDSS-71
0.9 mMprotein-8[U-5% 13C; U-100% 15N]2
200 mMsodium chloride-92
20 mMMES-102
10 mMDTT-112
0.02 %sodium azide-122
5 mMCalcium Chloride-132
50 uMDSS-142
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.112Goddardデータ解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
TALOS+Shen,Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
PyMOL1.2delano scientificvisualization
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Iterative noesy assignment followed by torsion angle dynamics in CYANA-3.0, STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0. 20 OF 100 STRUCTURES ...詳細: Iterative noesy assignment followed by torsion angle dynamics in CYANA-3.0, STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA-3.0. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (ALL RESIDUES INCLUDED): BACKBONE 86.63%, SIDECHAIN 76.84%, AROMATIC (SC) 100%, STEREOSPECIFIC VL METHYL ASSIGNMENT 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 2412 NOE, 230 DIHE. MAX NOE VIOLATION: 0.23 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 8.1 DEG. 3 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 19-98. SECONDARY STRUCTURE - ALPHA HELICES: 23-32, 42-52, 66-72. BETA STRANDS: 40-41, 90-96, 77-83. RMSD(ANG): BACKBONE 0.4, ALL HEAVY ATOMS 0.7. RAMA. DISTRIBUTION (MOLPROBITY): 97/3/0/0 PROCHECK (PSI-PHI): -0.12/-0.16 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): 0.04/0.24 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 9.92/-0.18 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.91, PRECISION: 0.93, F-MEASURE: 0.92, DP-SCORE: 0.79.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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