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万見
- PDB-2kp6: Solution NMR structure of protein CV0237 from Chromobacterium vio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kp6
タイトルSolution NMR structure of protein CV0237 from Chromobacterium violaceum. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target CvT1
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Uncharacterised protein PF10982, DUF2789 / Protein of unknown function DUF2789 / DUF2789 superfamily / Protein of unknown function (DUF2789) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DUF2789 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 14
データ登録者Fares, C. / Lemak, A. / Yee, A. / Garcia, M. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用
ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Solution structure of protein CV0237 from Chromobacterium violaceum
著者: Fares, C. / Lemak, A. / Yee, A. / Garcia, M. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.T.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2011
タイトル: A novel strategy for NMR resonance assignment and protein structure determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9481
ポリマ－8,9481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 8948.006 Da / 分子数: 1 / 変異: E69G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: CV_0237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q7P1H6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH (with NUS)
1413D HBHA(CO)NH (with NUS)
1513D HNCO (with NUS)
1613D HNCA (with NUS)
1713D 1H-15N NOESY (with NUS)
1813D 1H-13C NOESY (aliph) (with NUS)
1913D (H)CCH-TOCSY (HCH,aliph) (with NUS)
11013D (H)CCH-TOCSY (CCH,aliph) (with NUS)
11113D 1H-13C NOESY (arom) (with NUS)
11213D (H)CCH-TOCSY (HCH.arom) (with NUS)
11313D (H)CCH-TOCSY (CCH,arom) (with NUS)
11412D (HB)CB(CGCD)HD
11512D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細内容: 0.4-0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CV0237, 10 mM [U-99% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 10 uM Zinc Sulfate, 1 x Roche inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCV0237-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.4-0.71
10 mMTRIS-2[U-99% 2H]1
300 mMsodium chloride-31
10 mMDTT-4[U-99% 2H]1
0.01 %sodium azide-51
10 uMZinc Sulfate-61
1 %Roche inhibitor cocktail-71
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
MddNMRVlad Orekhovprocessing (multidimensional decomposition)
ABACUSAlexander Lemakchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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