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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kp3 | ||||||
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タイトル | Structure of ANA-RNA hybrid duplex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / ANA / arabinonucleic acid / nucleic acid structure / NMR/MD/TI / hybrid duplex | ||||||
機能・相同性 | RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics, matrix relaxation | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Gonzalez, C. / Martn-Pintado, N. / Watts, J. / Gomez-Pinto, I. / Dhama, M. / Orozco, M. / Schwartzentruber, J. / Portella, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010 タイトル: Differential stability of 2'F-ANA*RNA and ANA*RNA hybrid duplexes: roles of structure, pseudohydrogen bonding, hydration, ion uptake and flexibility. 著者: Watts, J.K. / Martin-Pintado, N. / Gomez-Pinto, I. / Schwartzentruber, J. / Portella, G. / Orozco, M. / Gonzalez, C. / Damha, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kp3.cif.gz | 133.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kp3.ent.gz | 108.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kp3_validation.pdf.gz | 337.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kp3_full_validation.pdf.gz | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kp3_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kp3_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/2kp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/2kp3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3201.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3121.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.8 mM ANA/RNA hybrid duplex-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.8 mM / 構成要素: ANA/RNA hybrid duplex-1 |
試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Advance / 製造業者: Bruker / モデル: Advance / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics, matrix relaxation / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |