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万見
- PDB-2koi: Refined solution structure of a cyanobacterial phytochrome GAF do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2koi
タイトルRefined solution structure of a cyanobacterial phytochrome GAF domain in the red light-absorbing ground state
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / PHYTOCHROME / GAF DOMAIN / PHYCOCYANOBILIN / PCB / BACTERIOPHYTOCHROME / CYANOBACTERIAL PHYTOCHROME / KINASE / PHOSPHOPROTEIN / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle molecular dynamics, internal variable dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cornilescu, C.C. / Cornilescu, G. / Ulijasz, A.T. / Vierstra, R.D. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the photoconversion of a phytochrome to the activated Pfr form
著者: Ulijasz, A.T. / Cornilescu, G. / Cornilescu, C.C. / Zhang, J. / Rivera, M. / Markley, J.L. / Vierstra, R.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of a cyanobacterial phytochrome GAF domain in the red-light-absorbing ground state
著者: Cornilescu, G. / Ulijasz, A.T. / Cornilescu, C.C. / Markley, J.L. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2009年9月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6602
ポリマ－19,0721
非ポリマー5891
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein / SYB-CPH1(GAF)


分子量: 19071.775 Da / 分子数: 1 / 断片: GAF DOMAIN (UNP RESIDUES 31-200) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: JA-2-3B'a(2-13) / 遺伝子: CYB_2465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2JIZ5, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
21053D HNCO ANTIPHASE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7 mM [U-13C; U-15N] SYB-CPH1(GAF), 1.7 mM PHYCOCYANOBILIN, 10 mM [U-2H] TRIS-DCL, 0.03 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
22 mM SYB-CPH1(GAF), 2 mM [U-15N] PHYCOCYANOBILIN, 10 mM [U-2H] TRIS-DCL, 0.03 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31 mM SYB-CPH1(GAF), 1 mM [U-13C] PHYCOCYANOBILIN, 10 mM [U-2H] TRIS-DCL, 0.03 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-13C; U-15N] SYB-CPH1(GAF), 1 mM PHYCOCYANOBILIN, 10 mM [U-2H] TRIS-DCL, 0.03 % sodium azide-16, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.5 mM SYB-CPH1(GAF), 0.5 mM [U-13C] PHYCOCYANOBILIN, 10 mM [U-2H] TRIS-DCL, 0.03 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMSYB-CPH1(GAF)-1[U-13C; U-15N]1
1.7 mMPHYCOCYANOBILIN-21
10 mMTRIS-DCL-3[U-2H]1
0.03 %sodium azide-41
2 mMSYB-CPH1(GAF)-52
2 mMPHYCOCYANOBILIN-6[U-15N]2
10 mMTRIS-DCL-7[U-2H]2
0.03 %sodium azide-82
1 mMSYB-CPH1(GAF)-93
1 mMPHYCOCYANOBILIN-10[U-13C]3
10 mMTRIS-DCL-11[U-2H]3
0.03 %sodium azide-123
1 mMSYB-CPH1(GAF)-13[U-13C; U-15N]4
1 mMPHYCOCYANOBILIN-144
10 mMTRIS-DCL-15[U-2H]4
0.03 %sodium azide-164
0.5 mMSYB-CPH1(GAF)-175
0.5 mMPHYCOCYANOBILIN-18[U-13C]5
10 mMTRIS-DCL-19[U-2H]5
0.03 %sodium azide-205
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1108.5ambient 298 K
2108.5ambient 306 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker DMXBrukerDMX6003
Bruker DMXBrukerDMX7504

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
PIPPGarrettデータ解析
PIPPGarrettpeak picking
PIPPGarrettchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
VnmrJVariancollection
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle molecular dynamics, internal variable dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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