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万見
- PDB-2kno: NMR Solution Structure of SH2 Domain of the Human Tensin Like C1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kno
タイトルNMR Solution Structure of SH2 Domain of the Human Tensin Like C1 Domain Containing Phosphatase (TENC1)
要素Tensin-like C1 domain-containing phosphatase
キーワードHYDROLASE / SH2 domain / TENC1 / solution structure / tensin2 / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Protein phosphatase / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / kidney development / multicellular organism growth ...multicellular organismal-level homeostasis / collagen metabolic process / cellular homeostasis / response to muscle activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / kidney development / multicellular organism growth / kinase binding / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / lipid binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tensin, phosphotyrosine-binding domain / Tensin-like, SH2 domain / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein ...Tensin, phosphotyrosine-binding domain / Tensin-like, SH2 domain / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / water refine
Model detailslowest energy, model 12
データ登録者Chen, L. / Feng, R. / Liu, C. / Zhu, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of SH2 Domain of the Human Tensin Like C1 Domain Containing Phosphatase (TENC1)
著者: Chen, L. / Liu, C. / Feng, R. / Zhu, G.
履歴
登録2009年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tensin-like C1 domain-containing phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4031
ポリマ－14,4031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tensin-like C1 domain-containing phosphatase / C1 domain-containing phosphatase and tensin homolog / C1-TEN / Tensin-2


分子量: 14402.526 Da / 分子数: 1
断片: Src Homolog 2 domain of TENC1, UNP residues 1135-1249
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: KIAA1075, TENC1, tensin like C1 domain containing phosphatase, TNS2
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63HR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1342D 1H-1H NOESY
1433D HNCO
1533D HN(CA)CB
1633D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 13C] SH2-1, 100mM sodium acetate-2, 100mM sodium chloride-3, 100% D2O100% D2O
21mM [U-100% 15N] SH2-4, 100mM sodium acetate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SH2-7, 100mM sodium acetate-8, 100mM sodium chloride-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM SH2-10, 100mM sodium acetate-11, 100mM sodium chloride-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSH2-1[U-100% 13C]1
100 mMsodium acetate-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMSH2-4[U-100% 15N]2
100 mMsodium acetate-52
100 mMsodium chloride-62
1 mMSH2-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
100 mMsodium acetate-83
100 mMsodium chloride-93
1 mMSH2-104
100 mMsodium acetate-114
100 mMsodium chloride-124
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger A. T. et.al.構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
精密化手法: water refine / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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