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万見
- PDB-2knm: Solution structure of the cyclotide cycloviolacin O2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knm
タイトルSolution structure of the cyclotide cycloviolacin O2
要素Cycloviolacin-O2
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / cyclotide (シクロチド) / cyclic cystine knot / circular protein / Cytolysis / Disulfide bond (ジスルフィド) / Hemolysis (溶血) / Knottin / Plant defense
機能・相同性Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / シクロチド / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / killing of cells of another organism / Cycloviolacin-O2
機能・相同性情報
生物種Viola odorata (ニオイスミレ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rosengren, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: The conserved glu in the cyclotide cycloviolacin O2 has a key structural role.
著者: Goransson, U. / Herrmann, A. / Burman, R. / Haugaard-Jonsson, L.M. / Rosengren, K.J.
履歴
登録2009年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cycloviolacin-O2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1681
ポリマ－3,1681
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cycloviolacin-O2


分子量: 3167.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viola odorata (ニオイスミレ) / 参照: UniProt: P58434

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution structure of the cytotoxic cyclotide cycloviolacin O2 isolated from Viola odorata. This peptide is naturally head-to-tail cyclic, i.e. has a peptide bond between the N- and C-termini.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1612D 1H-1H TOCSY
1712D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM cycloviolacin O2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-2 mM cycloviolacin O2, 100% D2O100% D2O
試料
単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
mMcycloviolacin O2-11-21
mMcycloviolacin O2-21-22
試料状態pH: 6.1 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian AvanceVarianAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Variancollection
VNMR6.1Varian解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using torsion angle dynamics within CNS and subsequently refined and energy minimised using cartesian dynamics in explicit water.
NMR constraintsNOE constraints total: 155 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 38 / NOE medium range total count: 31 / NOE sequential total count: 86 / Hydrogen bond constraints total count: 32 / Protein chi angle constraints total count: 9 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 14 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.273 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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