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- PDB-2kmm: Solution NMR structure of the TGS domain of PG1808 from Porphyrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmm
タイトルSolution NMR structure of the TGS domain of PG1808 from Porphyromonas gingivalis. Northeast Structural Genomics Consortium Target PgR122A (418-481)
要素Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Methods development / TGS domain / predominantly beta-sheet structure / Porphyromonas gingivalis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate metabolic process / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain / TGS-like ...RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Nucleotidyltransferase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. ...Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Swapna, G. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the TGS domain of PG1808 from Porphyromonas gingivalis. Northeast Structural Genomics Consortium Target PgR122A (418-481)
著者: Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Swapna, G. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1231
ポリマ－8,1231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase


分子量: 8123.245 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 418-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: PG1808, PG_1808, spoT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q7MAV5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: TGS domain of PG1808 from Porphyromonas gingivalis
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D CBCA(CO)NH
11013D HN(CO)CA
11113D HBHA(CO)NH
11213D H(CCO)NH
11313D C(CO)NH
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D (H)CCH-COSY
11633D (H)CCH-TOCSY
11734D CC NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TGS domain of PG1808, 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] TGS domain of PG1808, 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TGS domain of PG1808, 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMTGS domain of PG1808-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
0.9 mMTGS domain of PG1808-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate-82
200 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 %sodium azide-122
1.2 mMTGS domain of PG1808-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate-143
200 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
10 mMDTT-173
0.02 %sodium azide-183
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione精密化
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.1(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-nih-2.20 with HBDB
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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