PDB-2kml: Solution structure of an endopeptidase from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kml

タイトル

Solution structure of an endopeptidase from Escherichia coli

要素

Maturation element for hydrogenase 2

キーワード

HYDROLASE / endopeptidase

機能・相同性

HybD-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model 1

データ登録者

Yang, F. / Jin, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments of an hydrogenase maturating endopeptidase HybD from Escherichia coli
著者: Yang, F. / Jin, C.

履歴

登録	2009年7月31日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kml.cif.gz	1014.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kml.ent.gz	863 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kml	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1cfz-1 1cfz-3 1cfz-4 1cfz-6 1cfz-5 5zzg-d 6mx6-6 5yao-1 1do7-d 2o58-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16433

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Maturation element for hydrogenase 2

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Maturation element for hydrogenase 2 分子量: 17520.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: IAI1 / 遺伝子: hybD, ECIAI1_3142 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7LZE7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 50mM sodium phosphate-1, 50mM sodium chloride-2, 0.5mM [U-13C; U-15N] protein-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
50 mM	sodium phosphate-1		1
50 mM	sodium chloride-2		1
0.5 mM	protein-3	[U-13C; U-15N]	1

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
Amber	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm	精密化
XwinNMR	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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