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万見
- PDB-2kmj: High resolution NMR solution structure of a complex of HIV-2 TAR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmj
タイトルHigh resolution NMR solution structure of a complex of HIV-2 TAR RNA and a synthetic tripeptide in a 1:2 stoichiometry
要素
  • Pyrimidinylpeptide
  • RNA (28-MER)
キーワードRNA/PEPTIDE / RNA-ligand complex / binding stoichiometry / HIV-2 TAR / RNA-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性polypeptide(D) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsTop-ranked ensemble, model 1
データ登録者Ferner, J. / Suhartono, M. / Breitung, S. / Jonker, H.R.A. / Hennig, M. / Woehnert, J. / Goebel, M. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: Structures of HIV TAR RNA-ligand complexes reveal higher binding stoichiometries.
著者: Ferner, J. / Suhartono, M. / Breitung, S. / Jonker, H.R.A. / Hennig, M. / Wohnert, J. / Gobel, M. / Schwalbe, H.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (28-MER)
B: Pyrimidinylpeptide
C: Pyrimidinylpeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9563
ポリマ－9,9563
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200Top-ranked ensemble
代表モデルモデル #1top-ranked ensemble

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要素

#1: RNA鎖 RNA (28-MER)


分子量: 8940.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UUCG-TAR RNA
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: puc19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: Polypeptide(D) Pyrimidinylpeptide


分子量: 507.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: High resolution NMR solution structure of a complex of HIV-2 TAR RNA and a synthetic tripeptide in a 1:2 stoichiometry
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H NOESY
1542D 1H-1H NOESY
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D (H)CCH-COSY
2813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11022D H(C)N
11122D 1H-15N HSQC (2J)
11222D 1H-13C HSQC
21312D HNN-COSY
11422D H5NN-COSY
11523D forward-directed HCC-TOCSY-CCH E.COSY
21612D 1H-15N CPMG-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UUCG-TAR-1, 5.2 mM Pyrimidinylpeptide-2, 50 mM potassium chloride-3, 25 mM potassium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UUCG-TAR-5, 5.2 mM Pyrimidinylpeptide-6, 50 mM potassium chloride-7, 25 mM potassium phosphate-8, 100% D2O100% D2O
30.65 mM UUCG-TAR-9, 5.2 mM Pyrimidinylpeptide-10, 50 mM potassium chloride-11, 25 mM potassium phosphate-12, 90% H2O / 10% D2O90% H2O/10% D2O
40.65 mM UUCG-TAR-13, 5.2 mM Pyrimidinylpeptide-14, 50 mM potassium chloride-15, 25 mM potassium phosphate-16, 100% D2O100% D2O
50.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UUCG-TAR-17, 0.8 mM Pyrimidinylpeptide-18, 50 mM potassium chloride-19, 25 mM potassium phosphate-20, 16 mg/mL Pf1 phage-21, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.65 mMUUCG-TAR-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5.2 mMPyrimidinylpeptide-21
50 mMpotassium chloride-31
25 mMpotassium phosphate-41
0.65 mMUUCG-TAR-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5.2 mMPyrimidinylpeptide-62
50 mMpotassium chloride-72
25 mMpotassium phosphate-82
0.65 mMUUCG-TAR-93
5.2 mMPyrimidinylpeptide-103
50 mMpotassium chloride-113
25 mMpotassium phosphate-123
0.65 mMUUCG-TAR-134
5.2 mMPyrimidinylpeptide-144
50 mMpotassium chloride-154
25 mMpotassium phosphate-164
0.2 mMUUCG-TAR-17[U-100% 13C; U-100% 15N]5
0.8 mMPyrimidinylpeptide-185
50 mMpotassium chloride-195
25 mMpotassium phosphate-205
16 mg/mLPf1 phage-215
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
175 6.2 ambient 298 K
275 6.2 ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004
Bruker DRXBrukerDRX6005
Bruker AvanceBrukerAVANCE4006

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
Sparky3.114Goddardpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
HADDOCK2.1Dominguez, Boelens and Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 22 / NA beta-angle constraints total count: 4 / NA chi-angle constraints total count: 27 / NA epsilon-angle constraints total count: 5 / NA other-angle constraints total count: 22 / NA sugar pucker constraints total count: 95 / NOE constraints total: 567 / Hydrogen bond constraints total count: 60
代表構造選択基準: top-ranked ensemble
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Top-ranked ensemble / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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