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- PDB-2kmc: Solution Structure of the N-terminal domain of kindlin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmc
タイトルSolution Structure of the N-terminal domain of kindlin-1
要素Fermitin family homolog 1
キーワードCELL ADHESION / kindlin / cytoskeleton / integrin / N-terminal / talin / Cell junction / Cell membrane / Cell projection / Cytoplasm / Membrane / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of timing of anagen / keratinocyte migration / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / establishment of epithelial cell polarity / basement membrane organization / positive regulation of integrin activation / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of timing of anagen / keratinocyte migration / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / establishment of epithelial cell polarity / basement membrane organization / positive regulation of integrin activation / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of protein import into nucleus / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / keratinocyte proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / ruffle membrane / actin filament binding / cell junction / cytoskeleton / cell adhesion / negative regulation of gene expression / focal adhesion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues ...Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fermitin family homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Goult, B.T. / Bate, N. / Roberts, G.C. / Barsukov, I.L. / Critchley, D.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of the N-Terminus of Kindlin-1: A Domain Important for alphaIIbbeta3 Integrin Activation
著者: Goult, B.T. / Bouaouina, M. / Harburger, D.S. / Bate, N. / Patel, B. / Anthis, N.J. / Campbell, I.D. / Calderwood, D.A. / Barsukov, I.L. / Roberts, G.C. / Critchley, D.R.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fermitin family homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6671
ポリマ－11,6671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fermitin family homolog 1 / Kindlin-1 / Unc-112-related protein 1


分子量: 11667.261 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fermt1, Kind1, Urp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: P59113

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11032D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM F0-1, 10% [U-100% 2H] D2O-2, 2mM DTT-3, 50mM sodium chloride-4, 20mM sodium phosphate-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4mM [U-100% 13C; U-100% 15N] F0-6, 10% [U-100% 2H] D2O-7, 2mM DTT-8, 50 mM sodium chloride-9, 20mM sodium phosphate-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4mM F0-11, 100% [U-100% 2H] D2O-12, 2mM DTT-13, 50mM sodium chloride-14, 20mM sodium phosphate-15, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMF0-11
10 %D2O-2[U-100% 2H]1
2 mMDTT-31
50 mMsodium chloride-41
20 mMsodium phosphate-51
0.4 mMF0-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 %D2O-7[U-100% 2H]2
2 mMDTT-82
50 mMsodium chloride-92
20 mMsodium phosphate-102
0.4 mMF0-113
100 %D2O-12[U-100% 2H]3
2 mMDTT-133
50 mMsodium chloride-143
20 mMsodium phosphate-153
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Analysis1.0.15CCPNchemical shift assignment
Analysis1.0.15CCPNデータ解析
Analysis1.0.15CCPNpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: Final structures refined in explicit water bath as implemented in Aria 1.2/CNS 1.1. 20 Lowest energy structures selected from water refinement using CNS. Initial Structures generated with cyana
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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