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万見
- PDB-2kly: Solution structure of human ubiquitin conjugating enzyme Ube2g2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kly
タイトルSolution structure of human ubiquitin conjugating enzyme Ube2g2
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G2
キーワードLIGASE / alpha beta fold / ATP-binding / Nucleotide-binding / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ERAD pathway / lipid droplet / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity ...negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ERAD pathway / lipid droplet / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to mean, model 1
データ登録者Ju, T. / Bocik, W. / Majumdar, A. / Tolman, J.R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Solution structure and dynamics of human ubiquitin conjugating enzyme Ube2g2.
著者: Ju, T. / Bocik, W. / Majumdar, A. / Tolman, J.R.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7771
ポリマ－18,7771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10010 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1closest to mean

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G2 / Ubiquitin-protein ligase G2 / Ubiquitin carrier protein G2


分子量: 18777.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2G2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60604, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
1413D HNHA
152IPAP-HSQC
163IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-99% 15N] Human ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1, 90% H2O, 10% D2O; 8 mg/ml bacteriophage Pf190% H2O, 10% D2O; 8 mg/ml bacteriophage Pf1
31.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1, 90% H2O, 10% D2O; 4.5% stretched polyacrylamide gel90% H2O, 10% D2O; 4.5% stretched polyacrylamide gel
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMHuman ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.7 mMHuman ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1-2[U-99% 15N]2
1.0 mMHuman ubiquitin-conjugating enzyme E2G2 isoform 1-3[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA8001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refinement by CNS/ARIA
代表構造選択基準: closest to mean
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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