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- PDB-2kln: Solution Structure of STAS domain of RV1739c from M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kln
タイトルSolution Structure of STAS domain of RV1739c from M. tuberculosis
要素PROBABLE SULPHATE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE PROTEIN, COG0659
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC26 / Sulfate / SulP / AntiSigma Factor Antagonist / ensemble of 25 structures / Membrane / Transmembrane
機能・相同性STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Sharma, A.K. / Ye, L. / Zolotarev, A.S. / Alper, S.L. / Rigby, A.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Solution Structure of the Guanine Nucleotide-binding STAS Domain of SLC26-related SulP Protein Rv1739c from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Sharma, A.K. / Ye, L. / Baer, C.E. / Shanmugasundaram, K. / Alber, T. / Alper, S.L. / Rigby, A.C.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE SULPHATE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE PROTEIN, COG0659


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0931
ポリマ－15,0931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE SULPHATE-TRANSPORT TRANSMEMBRANE PROTEIN, COG0659


分子量: 15093.152 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 437-560 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 遺伝子: Mb1768c, Rv1739c / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3pLacI / 参照: UniProt: Q7TZN7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(COCA)CB
1913D HNCO
11013D HBHA(CO)NH
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11423D HNHA
11513D 1H-15N NOESY
11613D 1H-13C NOESY
11722D 1H-15N HSQC
11823D 1H-15N NOESY
11923D HNHA
12032D 1H-1H TOCSY
12132D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 to 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N], STAS domain of Rv1739C, 50 mM sodium phosphate, 275 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT-d10, 0.25 mM DSS, 0.05% w/v sodium azide, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
20.6 to 0.8 mM [U-100% 15N], STAS domain of Rv1739C, 50 mM sodium phosphate, 275 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT-d10, 0.25 mM DSS, 0.05% w/v sodium azide, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
30.6 to 0.8 mM STAS domain of Rv1739C-13, 50 mM sodium phosphate, 275 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT-d10, 0.25 mM DSS, 0.05% w/v sodium azide, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMSTAS domain of Rv1739C-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
275 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-d10-4[U-2H]1
0.25 mMDSS-51
0.05 w/vsodium azide-61
0.6 mMSTAS domain of Rv1739C-7[U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphate-82
275 mMsodium chloride-92
2 mMDTT-d10-10[U-2H]2
0.25 mMDSS-112
0.05 w/vsodium azide-122
0.6 mMSTAS domain of Rv1739C-133
50 mMsodium phosphate-143
275 mMsodium chloride-153
2 mMDTT-d10-16[U-2H]3
0.25 mMDSS-173
0.05 w/vsodium azide-183
試料状態イオン強度: 275 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2007.030.16.06Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipe2007.030.16.06Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe2007.030.16.06Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRDraw3.0 Rev 2007.068.09.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDraw3.0 Rev 2007.068.09.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
ANSIG3.3Kraulischemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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