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万見
- PDB-2kk9: Anti-group A streptococcal vaccine epitope: structure, stability ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kk9
タイトルAnti-group A streptococcal vaccine epitope: structure, stability and its ability to interact with HLA class II molecules
要素M protein, serotype 5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / S. pyogenes / M5 protein / Synthetic peptide vaccine / Cell wall (細胞壁) / Peptidoglycan-anchor / Phagocytosis (食作用) / Secreted (分泌) / Virulence / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


細胞壁 / : / 食作用 / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #460 / M protein repeat / M protein repeat / : / M protein-type anchor domain / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #460 / M protein repeat / M protein repeat / : / M protein-type anchor domain / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
M protein, serotype 5
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsfewest violations
データ登録者Guilherme, L. / Alba, M.P. / Patarroyo, M.E. / Kalil, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Anti-Group A Streptococcal Vaccine Epitope: STRUCTURE, STABILITY, AND ITS ABILITY TO INTERACT WITH HLA CLASS II MOLECULES.
著者: Guilherme, L. / Alba, M.P. / Ferreira, F.M. / Oshiro, S.E. / Higa, F. / Patarroyo, M.E. / Kalil, J.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M protein, serotype 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3781
ポリマ－6,3781
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 M protein, serotype 5


分子量: 6378.198 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 300-354 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A 55-mer-long synthetic peptide / 参照: UniProt: P02977

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: A 55-mer-long synthetic peptide was designed after selecting T and B cell epitopes using a large panel of PMBCs and sera healthy induividuals and rheumatic fever patients based on the ...詳細: A 55-mer-long synthetic peptide was designed after selecting T and B cell epitopes using a large panel of PMBCs and sera healthy induividuals and rheumatic fever patients based on the sequuences of the C-terminal portion of S. pyogenes M5 protein as described by Robinson et al Int. Inmunol. 6:1235-1244
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 5.4 mg/mL, trifluoroethanol/water 30/70% / 溶媒系: trifluoroethanol/water 30/70%
試料濃度: 5.4 mM / 構成要素: entity-1
試料状態pH: 3.7 / 圧: ambient atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: TOPSPIN / 開発者: Bruker Biospin / 分類: 解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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