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万見
- PDB-2kk0: Solution structure of dead ringer-like protein 1 (at-rich interac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kk0
タイトルSolution structure of dead ringer-like protein 1 (at-rich interactive domain-containing protein 3a) from homo sapiens, northeast structural genomics consortium (NESG) target hr4394c
要素AT-rich interactive domain-containing protein 3A
キーワードTranscription regulator / Dead Ringer / AT-rich interaction domain / NESG / ARID / Cytoplasm / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / transcription coregulator activity / membrane raft / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
REKLES domain / AT-rich interactive domain-containing protein 3 / REKLES domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain ...REKLES domain / AT-rich interactive domain-containing protein 3 / REKLES domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, distance geometry, simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Liu, G. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Liu, G. / Wang, D. / Nwosu, C. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Solution NMR structure of the ARID domain of human AT-rich interactive domain-containing protein 3A: a human cancer protein interaction network target.
著者: Liu, G. / Huang, Y.J. / Xiao, R. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年6月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT-rich interactive domain-containing protein 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1631
ポリマ－17,1631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 3A / ARID domain-containing protein 3A / Dead ringer-like protein 1 / B-cell regulator of IgH ...ARID domain-containing protein 3A / Dead ringer-like protein 1 / B-cell regulator of IgH transcription / Bright / E2F-binding protein 1


分子量: 17162.664 Da / 分子数: 1 / 断片: ARID domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID3A, DRIL1, DRIL3, DRX, E2FBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99856
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THEIR CONSTRUCT INCLUDES AN 11-RESIDUE N-TERMINAL HEXAHIS PURIFIATION TAG; ...THE AUTHORS STATE THAT THEIR CONSTRUCT INCLUDES AN 11-RESIDUE N-TERMINAL HEXAHIS PURIFIATION TAG; RESIDUE NUMBERS 12 145 CORRESPOND TO RESIDUES 218 TO 351 OF THE FULL-LENGTH HUMAN ARID3 PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1623D 1H-13C NOESY
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1923D (H)CCH-COSY
11013D 1H-13C-15N simutaneous NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.92 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.92 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O100% D2O
30.95 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.92 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.92 mMprotein-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.95 mMprotein-3[U-10% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure1.2Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructure1.2Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
XEASY1.3Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3Bartels et al.データ解析
XEASY1.3Bartels et al.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
精密化手法: molecular dynamics, distance geometry, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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