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万見
- PDB-2kj8: NMR structure of fragment 87-196 from the putative phage integras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kj8
タイトルNMR structure of fragment 87-196 from the putative phage integrase IntS of E. coli: Northeast Structural Genomics Consortium target ER652A, PSI-2
要素Putative prophage CPS-53 integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / integrase / intS / intC / yfdB / CPS-53 / DNA integration / DNA recombination / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Unknown Function
機能・相同性
機能・相同性情報


prophage integrase activity / provirus excision / viral genome integration into host DNA / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / symbiont entry into host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain ...Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prophage integrase IntS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsno criteria, model 1
データ登録者Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of fragment 87-196 from the putative phage integrase IntS of E. coli
著者: Cort, J.R. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年5月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative prophage CPS-53 integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8541
ポリマ－13,8541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40low restraint violations and energies
代表モデルモデル #1no criteria

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要素

#1: タンパク質 Putative prophage CPS-53 integrase


分子量: 13853.734 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 87-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2349, intC, intS, JW2345, yfdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P37326

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The construct comprises resiudes 87-196 of the 385-residue full length protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D (H)CCH-COSY
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D CBCA(CO)NH
1913D C(CO)NH
11013D HNHA
11112D 1H-15N HSQC
11212D 1H-13C HSQC
11324D 1H-13C-13C-1H HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
195 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 w/v sodium azide, 0.95 mM [biosynthetically directed 5%C; U-99% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2100 % [U-2H] D2O, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 w/v sodium azide, 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
95 %H2O-11
5 %D2O-2[U-2H]1
20 mMMES-31
200 mMsodium chloride-41
5 mMcalcium chloride-51
10 mMDTT-61
0.02 w/vsodium azide-71
0.95 mMprotein-8[biosynthetically directed 5%C; U-99% 15N]1
100 %D2O-9[U-2H]2
20 mMMES-102
200 mMsodium chloride-112
5 mMcalcium chloride-122
10 mMDTT-132
0.02 w/vsodium azide-142
1.2 mMprotein-15[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 215 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
FelixAccelrys Software Inc.解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: final refinement with LJ and electrostatic potential conducted in explicit water
代表構造選択基準: no criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: low restraint violations and energies
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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