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- PDB-2kij: Solution structure of the Actuator domain of the copper-transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kij
タイトルSolution structure of the Actuator domain of the copper-transporting ATPase ATP7A
要素Copper-transporting ATPase 1
キーワードHYDROLASE / Actuator / ATP7A / Menkes disease / Alternative splicing / ATP-binding / Cell membrane / Copper / Copper transport / Cytoplasm / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Golgi apparatus / Ion transport / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of catecholamine metabolic process / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity ...negative regulation of catecholamine metabolic process / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity / copper ion import / glycoprotein biosynthetic process / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / regulation of oxidative phosphorylation / catecholamine metabolic process / copper ion transport / trans-Golgi network transport vesicle / melanosome membrane / detoxification of copper ion / serotonin metabolic process / pyramidal neuron development / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / cartilage development / collagen fibril organization / hair follicle morphogenesis / skin development / lung alveolus development / pigmentation / dendrite morphogenesis / blood vessel development / Detoxification of Reactive Oxygen Species / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / cuprous ion binding / Ion transport by P-type ATPases / neuron projection morphogenesis / blood vessel remodeling / intracellular copper ion homeostasis / ATP metabolic process / extracellular matrix organization / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / trans-Golgi network membrane / mitochondrion organization / locomotory behavior / establishment of localization in cell / trans-Golgi network / neuron cellular homeostasis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / regulation of gene expression / neuron apoptotic process / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / copper ion binding / axon / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Nushi, F. / Natile, G. / Rosato, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Solution structures of the actuator domain of ATP7A and ATP7B, the Menkes and Wilson disease proteins
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Natile, G. / Nushi, F. / Rosato, A.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9681
ポリマ－12,9681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 500target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 12967.743 Da / 分子数: 1 / 断片: actuator domain, UNP residues 806-924 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) Gold / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1523D HNCO
1623D HN(CA)CB
1723D CBCA(CO)NH
1823D (H)CCH-TOCSY
1933D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM Actd-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3 mM [U-13C; U-15N] Actd-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3 mM [U-15N] Actd-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMActd-11
0.3 mMActd-2[U-13C; U-15N]2
0.3 mMActd-3[U-15N]3
試料状態イオン強度: phosphate, arginine, glutamate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were based on a total of 1992 meaningful distance constraints, 125 dihedral angle and 102 one-bond 1H-15N dipolar couplings
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 30 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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