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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ki8
タイトルSolution NMR structure of tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit D from Archaeoglobus fulgidus, Northeast Structural Genomics Consortium target AtT7
要素Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (FwdD-2)
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-barrel / FwdD-2 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin cofactor binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D / Barwin-like endoglucanases - #20 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (FwdD-2)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Eletsky, A. / Wu, Y. / Yee, A. / Fares, C. / Lee, H.W. / Arrowsmith, C.H. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit D from Archaeoglobus fulgidus
著者: Eletsky, A. / Wu, Y. / Yee, A. / Fares, C. / Lee, H.W. / Arrowsmith, C.H. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (FwdD-2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1691
ポリマ－16,1691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (FwdD-2)


分子量: 16169.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: VC-16 / 遺伝子: AF_1928 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: O28351

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
1412D 1H-13C CT-HSQC aromatic
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D HBHA(CO)NH
1101(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aliphatic
11113D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1121(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aromatic
11313D 1H-15N,13C NOESY
11413D 1H-13C NOESY
11512D MEXICO
11612D CLEANEX
11722D 1H-13C CT-HSQC methyl
11822D 1H-15N HSQC
11922D 1H-15N TROSY
22032D 1H-15N HSQC
22132D 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AtT7 protein, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] AtT7 protein, 10 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] AtT7 protein, 6.6 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 0.7 mM benzamidine, 13.25 g/L Pf1 phage, 86% H2O/14% D2O86% H2O/14% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMAtT7 protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS1
300 mMsodium chloride1
1 mMbenzamidine1
0.6 mMAtT7 protein[U-7% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS2
300 mMsodium chloride2
1 mMbenzamidine2
0.4 mMAtT7 protein[U-7% 13C; U-100% 15N]3
6.6 mMTRIS3
200 mMsodium chloride3
0.7 mMbenzamidine3
13.25 g/LPf1 phage3
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
13007ambient 298 K
22007ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1BVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
PROSA6.0.2Guntert解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CSI2Wishart and Sykesデータ解析
TALOS2007.068.09.07Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelionestructure validation
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 and CYANA v3.0 using NOE-based constraints, PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS, hydrogen bond constraints ...詳細: Structure determination was performed iteratively with CYANA v2.1 and CYANA v3.0 using NOE-based constraints, PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS, hydrogen bond constraints based on preliminary structures and CLEANEX/MEXICO data, and RDCs from a single alignment medium. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field.
NMR constraintsNOE constraints total: 2670 / NOE intraresidue total count: 633 / NOE long range total count: 934 / NOE medium range total count: 427 / NOE sequential total count: 676 / Hydrogen bond constraints total count: 188 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 59 / Protein psi angle constraints total count: 59
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.1 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.6 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.43 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.02 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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