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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ki5 | |||||||||
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タイトル | HERPES SIMPLEX TYPE-1 THYMIDINE KINASE IN COMPLEX WITH THE DRUG ACICLOVIR AT 1.9A RESOLUTION | |||||||||
![]() | PROTEIN (THYMIDINE KINASE) | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMID / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMIDINE KINASE / VIRIDAE / DS-DNA ENVELOPED VIRUSES / HERPESVIRIDAE / ALPHAHERPESVIRINAE ANTIVIRAL DRUG (ACICLOVIR) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure to 1.9 A resolution of a complex with herpes simplex virus type-1 thymidine kinase of a novel, non-substrate inhibitor: X-ray crystallographic comparison with binding of aciclovir. 著者: Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39862.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACICLOVIR, ANTIVIRAL DRUG AS DEPOSITED IN 1KI5 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Simplexvirus / 株: SY211 / 遺伝子: TK / プラスミド: PT7:HSVTK / 遺伝子 (発現宿主): TK / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PUBLISHED IN BENNETT, M.S. ET AL. FEBS LETT., VOL.443 (1999) 121-125, pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OTWINOWSKI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→16 Å / Num. obs: 63458 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 57 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KIM 解像度: 1.9→16 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT / 交差検証法: FREE R / σ(F): 3 / 詳細: NCS RESTRAINTS NOT USED IN FINAL CYCLES.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→16 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NCS RESTRAINT NOT USED IN FINAL REFT. STAGES. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å |