[日本語] English
万見
- PDB-2ki5: HERPES SIMPLEX TYPE-1 THYMIDINE KINASE IN COMPLEX WITH THE DRUG A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ki5
タイトルHERPES SIMPLEX TYPE-1 THYMIDINE KINASE IN COMPLEX WITH THE DRUG ACICLOVIR AT 1.9A RESOLUTION
要素PROTEIN (THYMIDINE KINASE)
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMID / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMIDINE KINASE / VIRIDAE / DS-DNA ENVELOPED VIRUSES / HERPESVIRIDAE / ALPHAHERPESVIRINAE ANTIVIRAL DRUG (ACICLOVIR)
機能・相同性
機能・相同性情報


TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus thymidine kinase / Thymidine kinase from herpesvirus / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE / Thymidine kinase / Thymidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Structure to 1.9 A resolution of a complex with herpes simplex virus type-1 thymidine kinase of a novel, non-substrate inhibitor: X-ray crystallographic comparison with binding of aciclovir.
著者: Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R.
履歴
登録1999年2月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
置き換え1999年3月2日ID: 1KI5
改定 1.01999年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (THYMIDINE KINASE)
B: PROTEIN (THYMIDINE KINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3686
ポリマ－79,7252
非ポリマー6434
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.100, 117.800, 108.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (THYMIDINE KINASE) / TK


分子量: 39862.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACICLOVIR, ANTIVIRAL DRUG AS DEPOSITED IN 1KI5
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 株: SY211 / 遺伝子: TK / プラスミド: PT7:HSVTK / 遺伝子 (発現宿主): TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SY211
参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AC2 / 9-HYROXYETHOXYMETHYLGUANINE


分子量: 225.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PUBLISHED IN BENNETT, M.S. ET AL. FEBS LETT., VOL.443 (1999) 121-125, pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 mg/mlprotein1drop
240 mMTris-HCl1drop
33 mMdithiothreitol1drop
40.2 mMdeoxythymidine1drop
530 %satammonium sulfate1reservoir
6200 mMTris-HCl1reservoir
73 mMdithiothreitol1reservoir
80.2 mMdeoxythymidine1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OTWINOWSKI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→16 Å / Num. obs: 63458 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 57
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1F精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KIM

1kim


解像度: 1.9→16 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT / 交差検証法: FREE R / σ(F): 3 / 詳細: NCS RESTRAINTS NOT USED IN FINAL CYCLES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 4766 10 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs-47727 83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4627 0 47 292 4966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.31
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.474
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it24
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it24
Refine LS restraints NCSNCS model details: NCS RESTRAINT NOT USED IN FINAL REFT. STAGES.
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 323 10 %
Rwork0.334 3057 -
obs--83 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1JNC_PARHCSDX.PROJNC_TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION2JNC_PARAM19.SOLJNC_TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3JNC_SO4.PAR ALSO JNC_GAN.JNC_SO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION4JNC_PARNAH1E.DNAACIC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.31
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.474
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る