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- PDB-2khz: Solution Structure of RCL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khz
タイトルSolution Structure of RCL
要素c-Myc-responsive protein Rcl
キーワードNUCLEAR PROTEIN / flexible loop / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-deoxynucleoside 5-phosphate N-hydrolase 1, DNPH1 / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Doddapaneni, K. / Mahler, B. / Yuan, C. / Wu, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of RCL, a novel 2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase
著者: Doddapaneni, K. / Mahler, B. / Pavlovicz, R. / Haushalter, A. / Yuan, C. / Wu, Z.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: c-Myc-responsive protein Rcl
B: c-Myc-responsive protein Rcl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9882
ポリマ－35,9882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 c-Myc-responsive protein Rcl


分子量: 17994.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rcl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35820

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N TROSY
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D HN(CO)CA
1523D (H)CCH-TOCSY
1623D 1H-15N TOCSY
1722D 1H-13C ct-HSQC
1823D 1H-15N NOESY-TROSY
1933D 1H-13C NOESY-HSQC
11033D 1H-13C-13C HMQC-NOESY-HSQC
11123D 13C-edited NOESY
11223D 15N/13C-filtered 13C-edited NOESY
11312D 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide-4, 12 % Pf1 phage-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
325 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 2 mM DTT-12, 0.02 % sodium azide-13, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
25 mMsodium phosphate-11
25 mMsodium chloride-21
2 mMDTT-31
0.02 %sodium azide-41
12 %Pf1 phage-51
25 mMsodium phosphate-62
25 mMsodium chloride-72
2 mMDTT-82
0.02 %sodium azide-92
25 mMsodium phosphate-103
25 mMsodium chloride-113
2 mMDTT-123
0.02 %sodium azide-133
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
XwinNMRBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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