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万見
- PDB-2khc: Bruno RRM3+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khc
タイトルBruno RRM3+
要素Testis-specific RNP-type RNA binding protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / RNA Recognition Motif / Bruno
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myofibril size / negative regulation of oskar mRNA translation / female germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA splice site recognition / P granule / sarcomere organization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / oogenesis ...regulation of myofibril size / negative regulation of oskar mRNA translation / female germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA splice site recognition / P granule / sarcomere organization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / oogenesis / germ cell development / mRNA 3'-UTR binding / nuclear membrane / negative regulation of translation / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Testis-specific RNP-type RNA binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Lyon, A.M. / Reveal, B.S. / Macdonald, P.M. / Hoffman, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Bruno protein contains an expanded RNA recognition motif.
著者: Lyon, A.M. / Reveal, B.S. / Macdonald, P.M. / Hoffman, D.W.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Testis-specific RNP-type RNA binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2961
ポリマ－12,2961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Testis-specific RNP-type RNA binding protein


分子量: 12296.016 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 684-801 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: aret, bruno, CG31762 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the C-terminal RRM3+ of the Bruno protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1312D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 1,0 mM Bruno RRM3+, 1 mM potassium phosphate, 300-400 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
1 mM1,0 mM Bruno RRM3+[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMpotassium phosphate1
mMsodium chloride300-4001
試料状態イオン強度: 260 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Inova / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1. / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: simulated annealing
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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