PDB-2khb: Solution structure of linear kalata B1 (loop 6)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2khb

タイトル

Solution structure of linear kalata B1 (loop 6)

要素

Kalata-B1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / cyclotide / Cytolysis / Disulfide bond / Hemolysis / Knottin / Oxidation / Pharmaceutical / Plant defense

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Kalata-B1

機能・相同性情報

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Wang, C.K. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cyclotides insert into lipid bilayers to form membrane pores and destabilize the membrane
著者: Wang, C.K. / Wacklin, H.P. / Craik, D.J.

履歴

登録	2009年4月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2khb.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2khb.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2khb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2khb_validation.pdf.gz	330.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2khb_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	2khb_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	2khb_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/2khb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/2khb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nb1
類似構造データ	2mso-d 2mfs-d 2m2r-d 2juy-d 2kht-d 1ha9-d 2rtz-d 2idh-2 5i5a-2 2m7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B1

2.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B1 分子量: 2917.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oldenlandia affinis (植物) / 遺伝子: OAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56254
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM Kalata-B1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: Kalata-B1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker ARX / 製造業者: Bruker / モデル: ARX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)