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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kh8 | ||||||
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タイトル | Solution Structure of cis-5R,6S-thymine glycol opposite complementary guanine in duplex DNA | ||||||
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![]() | DNA / Thymine Glycol | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model 1 | ||||||
![]() | Brown, K.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The cis-(5R,6S)-thymine glycol lesion occupies the wobble position when mismatched with deoxyguanosine in DNA 著者: Brown, K.L. / Basu, A.K. / Stone, M.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 317 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 406.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3749.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3625.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: When base paired with guanine, the Thymine glycol equilibrium between cis-5R,6S-TG and trans-5R,6R-TG was not observed by NMR. In addition, the CTG can pucker so that the TG CH3 is in an ...詳細: When base paired with guanine, the Thymine glycol equilibrium between cis-5R,6S-TG and trans-5R,6R-TG was not observed by NMR. In addition, the CTG can pucker so that the TG CH3 is in an axial or equatorial conformation. This entry is the cis-5R,6S-TG lesion opposite dG with TG CH3 in an equatorial conformation | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |