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万見
- PDB-2kgf: N-terminal domain of capsid protein from the Mason-Pfizer monkey virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kgf
タイトルN-terminal domain of capsid protein from the Mason-Pfizer monkey virus
要素Capsid protein p27
キーワードVIRAL PROTEIN / Retrovirus capsid protein / N-terminal core domain (SCOP) / Capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Macek, P. / Chmelik, J. / Zidek, L. / Kaderavek, P. / Padrta, P. / Ruml, T. / Pichova, I. / Rumlova, M. / Sklenar, V.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: NMR structure of the N-terminal domain of capsid protein from the mason-pfizer monkey virus
著者: Macek, P. / Chmelik, J. / Krizova, I. / Kaderavek, P. / Padrta, P. / Zidek, L. / Wildova, M. / Hadravova, R. / Chaloupkova, R. / Pichova, I. / Ruml, T. / Rumlova, M. / Sklenar, V.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2008
タイトル: 1H, 13C, and 15N resonance assignment of the N-terminal domain of Mason-Pfizer monkey virus capsid protein, CA 1-140
著者: Macek, P. / Zidek, L. / Rumlova, M. / Pichova, I. / Sklenar, V.
履歴
登録2009年3月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4701
ポリマ－15,4701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 15010 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p27


分子量: 15470.034 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 300-439 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07567

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
172IPAP [15N, 1H]‑HSQC
182HN[C]-S3E
1922D IPAP [13C', 1H]-HCACO (C' detected)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPMV NTD CA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPMV NTD CA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMMPMV NTD CA[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.7 mMMPMV NTD CA[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSGoddardchemical shift assignment
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2246 / NOE intraresidue total count: 836 / NOE long range total count: 445 / NOE medium range total count: 450 / NOE sequential total count: 515 / Hydrogen bond constraints total count: 124 / Protein phi angle constraints total count: 107 / Protein psi angle constraints total count: 107
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 50 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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