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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kga | ||||||
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タイトル | NMR Solution Structures of hexanoyl ACP (a non natural intermediate) from the actinorhodin polyketide synthase in Streptomyces coelicolor | ||||||
![]() | Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ACP / Fatty Acid / Polyketide / Hexanoyl / Conformational Change / Antibiotic biosynthesis / Phosphopantetheine | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid A biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Crump, M.P. / Evans, S.E. / Williams, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the Interactions of Early Polyketide Intermediates with the Actinorhodin ACP from S. coelicolor A3(2). 著者: Evans, S.E. / Williams, C. / Arthur, C.J. / Ploskon, E. / Wattana-Amorn, P. / Cox, R.J. / Crosby, J. / Willis, C.L. / Simpson, T.J. / Crump, M.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 569.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 503 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 535.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2kg6C ![]() 2kg8C ![]() 2kg9C ![]() 2kgcC ![]() 2kgdC ![]() 2kgeC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9239.177 Da / 分子数: 1 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A3(2) / 遺伝子: SCO5089, SCBAC28G1.15 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SXH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 20 mM potassium phosphate-1, 1 mM sodium azide-2, 2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] 4-phosphopantetheine chain acylated with a hexanoyl group-3, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: ALL STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT USING THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT OF NOES (ARIA) PROTOCOL VERSION 1.2. THE 20 BEST STRUCTURES (SORTED ACCORDING TO TOTAL ...詳細: ALL STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT USING THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT OF NOES (ARIA) PROTOCOL VERSION 1.2. THE 20 BEST STRUCTURES (SORTED ACCORDING TO TOTAL ENERGY) WERE SELECTED FOR WATER REFINEMENT. WATER REFINED STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SLIGHTLY MODIFIED REFINEMENT SCRIPT APPLIED TO THE RECOORD DATABASE. PROCHECK AND WHATCHECK AND QUALITY INDICATORS WERE COMPARED TO THE AVERAGE VALUES FOR THE RECOORD DATABASE OF PROTEIN NMR STRUCTURES. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |