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- PDB-2kg5: NMR Solution structure of ARAP3-SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kg5
タイトルNMR Solution structure of ARAP3-SAM
要素Arf-GAP, Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / SAM DOMAIN / HELIX BUNDLE / Cell membrane / Cell projection / Cytoplasm / Cytoskeleton / GTPase activation / Membrane / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / ruffle / RAC1 GTPase cycle / lamellipodium ...phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / ruffle / RAC1 GTPase cycle / lamellipodium / cytoskeleton / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARAP, RhoGAP domain / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Transcription Factor, Ets-1 ...ARAP, RhoGAP domain / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Transcription Factor, Ets-1 / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / DNA polymerase; domain 1 / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Leone, M. / Pellecchia, M.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Sam domain of the lipid phosphatase Ship2 adopts a common model to interact with Arap3-Sam and EphA2-Sam.
著者: Leone, M. / Cellitti, J. / Pellecchia, M.
履歴
登録2009年3月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP, Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8641
ポリマ－10,8641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP, Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Centaurin-delta-3 / Cnt-d3


分子量: 10864.156 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM Domain, residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARAP3, CENTD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWN8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1333D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM protein, 2.7 mM potassium chloride, 137 mM sodium chloride, 11.9 mM phosphates, 0.3% mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
21 mM [U-100% 15N] protein, 2.7 mM potassium chloride, 137 mM sodium chloride, 11.9 mM phosphates, 0.3% mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 2.7 mM potassium chloride, 137 mM sodium chloride, 11.9 mM phosphates, 0.3% mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity1
2.7 mMpotassium chloride1
137 mMsodium chloride1
11.9 mMphosphates1
0.3 %sodium azide1
1 mMentity[U-100% 15N]2
2.7 mMpotassium chloride2
137 mMsodium chloride2
11.9 mMphosphates2
0.3 %sodium azide2
1 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]3
2.7 mMpotassium chloride3
137 mMsodium chloride3
11.9 mMphosphates3
0.3 %sodium azide3
試料状態pH: 7.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASYBartels et al.データ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: The structures were generated by only using CYANA
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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