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万見
- PDB-2kfp: Solution NMR structure of PSPTO_3016 from Pseudomonas syringae. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kfp
タイトルSolution NMR structure of PSPTO_3016 from Pseudomonas syringae. Northeast Structural Genomics Consortium target PsR293.
要素PSPTO_3016 protein
キーワードStructural Genomics (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / alpha / beta / double-wing / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #30 / Uncharacterised protein YjbR / YjbR-like superfamily / YjbR / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / MmcQ/YjbR family DNA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (シュードモナス・シリンガエ)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Feldmann, E.A. / Ramelot, T.A. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Feldmann, E.A. / Ramelot, T.A. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2012
タイトル: Solution NMR and X-ray crystal structures of Pseudomonas syringae Pspto_3016 from protein domain family PF04237 (DUF419) adopt a "double wing" DNA binding motif.
著者: Feldmann, E.A. / Seetharaman, J. / Ramelot, T.A. / Lew, S. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSPTO_3016 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8301
ポリマ－14,8301
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 PSPTO_3016 protein


分子量: 14829.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (シュードモナス・シリンガエ)
遺伝子: PSPTO3016, PSPTO_3016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: Q880Y4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
1712D 1H-13C HSQC
1834D CC NOESY
1913D HNCO
11013D HNCA
11113D HN(CA)CB
11213D CBCA(CO)NH
11313D HBHA(CO)NH
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D (H)CCH-TOCSY
11613D CBCA(CO)NH
11713D H(CCO)NH
11813D HN(CO)CA
11913D C(CO)NH
12013D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate1
100 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
5 mMcalcium chloride1
0.02 %sodium azide1
50 uMDSS1
1.1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate2
100 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
5 mMcalcium chloride2
0.02 %sodium azide2
50 uMDSS2
1.0 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate3
100 mMsodium chloride3
10 mMDTT3
5 mMcalcium chloride3
0.02 %sodium azide3
50 uMDSS3
試料状態イオン強度: .1 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造決定
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH, Xplor-NIH HBDA Torsion Angle Refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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