PDB-2kf6: Barnase bound to d(CGAC) high pressure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kf6

タイトル

Barnase bound to d(CGAC) high pressure

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / barnase / ribonuclease / pressure / Endonuclease / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

all equally good, model 1

データ登録者

Williamson, M.P. / Wilton, D.J.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2009
タイトル: Pressure-dependent structure changes in barnase on ligand binding reveal intermediate rate fluctuations.
著者: Wilton, D.J. / Kitahara, R. / Akasaka, K. / Pandya, M.J. / Williamson, M.P.

履歴

登録	2009年2月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kf6.cif.gz	338 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kf6.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kf6_validation.pdf.gz	382.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kf6_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	2kf6_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	2kf6_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/2kf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/2kf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kf3C 2kf4C 2kf5C 1a2p C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1a2p-1 2nmm-3 2kf3-d 5nml-4 5nml-8 2kf4-d 1b2x-1 4s1z-4 5nml-6 4s1z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16172

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	10 randomly selected
代表モデル	モデル #1	all equally good

#1: タンパク質	Ribonuclease / Barnase / RNase Ba 分子量: 12331.651 Da / 分子数: 1 / 変異: H102A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
構成要素の詳細	THE EXPERIMENTAL DATA ARE FOR THE COMPLEX WITH D(CGAC), BUT NO COORDINATES WERE CALCULATED FOR D(CGAC)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: Compare to low pressure structure (2kf5)

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] barnase, 30 mM sodium phosphate, 4.7 mM d(CGAC), 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.1 mM	barnase	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
30 mM	sodium phosphate		1
4.7 mM	d(CGAC)		1

試料状態

pH: 6.7 / 圧: 200 0 / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	Brunger	構造決定
X-PLOR	Brunger	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Shifts restrained to starting values plus difference to high pressure

代表構造

選択基準: all equally good

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 10 randomly selected / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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