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万見
- PDB-2ke9: NMR solution structure of the CASKIN SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ke9
タイトルNMR solution structure of the CASKIN SH3 domain
要素Caskin-2
キーワードPROTEIN BINDING / SH3 domain / ANK repeat / Cytoplasm / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Variant SH3 domain ...Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, water refinement
データ登録者Donaldson, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of the CASKIN SH3 domain
著者: Donaldson, L.
履歴
登録2009年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caskin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3431
ポリマ－9,3431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 25
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Caskin-2


分子量: 9343.499 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: amino terminal His6 affinity tag and intervening thrombin site
遺伝子: CASKIN2, KIAA1139 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WXE0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] caskinSH3-1, 10 mM D2O-2, 0.05 % sodium azide-3, 150 mM sodium chloride-4, 20 mM sodium phosphate-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMcaskinSH3-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
10 mMD2O-21
0.05 %sodium azide-31
150 mMsodium chloride-41
20 mMsodium phosphate-51
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian NMRS / 製造業者: Varian / モデル: NMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, P. et al.構造決定
NMRView5.1Johnson, B. et al.peak picking
X-PLOR NIH2.21Schwieters, C.D. et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, water refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: CYANA 2.1 was used to determine 250 initial solutions of which 25 were selected as the initial ensemble. 5000 steps of torsion angle dynamics were performed, XPLOR-NIH 2.21 was used to ...詳細: CYANA 2.1 was used to determine 250 initial solutions of which 25 were selected as the initial ensemble. 5000 steps of torsion angle dynamics were performed, XPLOR-NIH 2.21 was used to further refine the 25 structure in explicit solvent. 2000 hot steps at 500 K were performed followed by 500 cool steps down to 100 K in 100 K steps.
NMR constraintsNOE constraints total: 445 / NOE intraresidue total count: 204 / NOE long range total count: 127 / NOE medium range total count: 12 / NOE sequential total count: 102
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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