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- PDB-2kdk: Structure of human circadian clock protein BMAL2 C-terminal PAS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdk
タイトルStructure of human circadian clock protein BMAL2 C-terminal PAS domain
要素Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / circadian clock / PAS domain / transcription / Activator / Biological rhythms / DNA-binding / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


CLOCK-BMAL transcription complex / aryl hydrocarbon receptor complex / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / E-box binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity ...CLOCK-BMAL transcription complex / aryl hydrocarbon receptor complex / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / E-box binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase ...: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wasielewski, E. / Correia, C. / Prendergast, F.G. / Mer, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human circadian clock protein BMAL2 C-terminal PAS domain
著者: Correia, C. / Wasielewski, E. / Prendergast, F.G. / Mer, G.
履歴
登録2009年1月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8711
ポリマ－13,8711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 2 / Brain and muscle ARNT-like 2 / Member of PAS protein 9 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP9 / ...Brain and muscle ARNT-like 2 / Member of PAS protein 9 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP9 / CYCLE-like factor / CLIF


分子量: 13870.537 Da / 分子数: 1 / 変異: W408D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNTL2, BMAL2, CLIF, MOP9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8WYA1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Circadian clock protein BMAL2 PAS-B domain
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N TOCSY
1313D 1H-15N NOESY
1422D 1H-15N HSQC
1522D 1H-13C HSQC
1623D HNCO
1723D HN(CA)CB
1823D CBCA(CO)NH
1923D HBHA(CO)NH
11023D CCH-TOCSY
11123D CCH-COSY
11223D 1H-13C NOESY
11323D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 15N] BMAL2 PAS-B-1, 50 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM DTT-4, 0.5 mM DSS-5, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BMAL2 PAS-B-6, 50 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM DTT-9, 0.5 mM DSS-10, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMBMAL2 PAS-B-1[U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
0.5 mMDSS-51
1.0 mMBMAL2 PAS-B-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
2 mMDTT-92
0.5 mMDSS-102
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AMBER 8.0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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