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万見
- PDB-2kdc: NMR Solution Structure of E. coli diacylglycerol kinase (DAGK) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdc
タイトルNMR Solution Structure of E. coli diacylglycerol kinase (DAGK) in DPC micelles
要素Diacylglycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / Membrane Protein / Kinase / DAGK / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Phospholipid biosynthesis / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol kinase fold / Diacylglycerol kinase (DAGK) domain / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Van Horn, W.D. / Kim, H. / Ellis, C.D. / Hadziselimovic, A. / Sulistijo, E.S. / Karra, M.D. / Tian, C. / Sonnichsen, F.D. / Sanders, C.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Solution nuclear magnetic resonance structure of membrane-integral diacylglycerol kinase
著者: Van Horn, W.D. / Kim, H.J. / Ellis, C.D. / Hadziselimovic, A. / Sulistijo, E.S. / Karra, M.D. / Tian, C. / Sonnichsen, F.D. / Sanders, C.R.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol kinase
B: Diacylglycerol kinase
C: Diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3733
ポリマ－39,3733
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 48structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Diacylglycerol kinase / DAGK / Diglyceride kinase / DGK


分子量: 13124.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dgkA, b4042, JW4002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TROSY 1H-15N HSQC
1243D TROSY HNCO
1343D TROSY HNCA
1443D TROSY HN(CO)CA
1543D TROSY CBCA(CO)NH
1643D TROSY HN(CA)CB
1753D 1H-15N TROSY - NOESY
1822D TROSY 1H-15N HQSC
1932D TROSY 1H-15N HQSC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 15N] DAGK, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.4 mM [ U-15N; U-2H] DAGK, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 15N] DAGK, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM [U-13C; U-15N; U-2H] DAGK, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAGK, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMDAGK-1[U-100% 15N]1
1.4 mMDAGK-2[ U-15N; U-2H]2
1.0 mMDAGK-3[U-100% 15N]3
1.0 mMDAGK-4[U-13C; U-15N; U-2H]4
1.0 mMDAGK-5[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]5
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRView5Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle restraints
SparkyGoddardデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: used refine.py from XPLOR-NIH
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 48 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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