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- PDB-2kc8: Structure of E. coli toxin RelE (R81A/R83A) mutant in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kc8
タイトルStructure of E. coli toxin RelE (R81A/R83A) mutant in complex with antitoxin RelBc (K47-L79) peptide
要素
  • Antitoxin RelB
  • Toxin relE
キーワードToxin/Toxin Repressor / protein-protein complex / toxin RelE / antitoxin RelB / Repressor / Stress response / Toxin / Transcription / Transcription regulation / Toxin-Toxin Repressor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding ...toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / ribosome binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / rRNA binding / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RelB antitoxin/Antitoxin DinJ / RelB antitoxin / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc-type ribbon-helix-helix / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA interferase toxin RelE / Antitoxin RelB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Li, G. / Zhang, Y. / Inouye, M. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Inhibitory mechanism of Escherichia coli RelE-RelB toxin-antitoxin module involves a helix displacement near an mRNA interferase active site.
著者: Li, G.Y. / Zhang, Y. / Inouye, M. / Ikura, M.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin relE
B: Antitoxin RelB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4922
ポリマ－15,4922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Toxin relE


分子量: 11356.294 Da / 分子数: 1 / 変異: R81A, R83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
解説: RelE is expressed with his-tag fusion. The his-tag is removed by thrombin afterward
遺伝子: relE, b1563, JW1555 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0C077
#2: タンパク質・ペプチド Antitoxin RelB


分子量: 4135.697 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 47-79 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
解説: RelBc (K47-L79) is expressed with GST-tag fusion. The GST-tag is removed by thrombin afterward
遺伝子: relB, b1564, JW1556 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0C079

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: There is a related deposition of toxin RelE in the peptide free state
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D C(CO)NH
1413D H(CCO)NH
1513D HNCO
1613D 1H-15N NOESY
1732D 1H-13C HSQC
1833D (H)CCH-COSY
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D 1H-13C NOESY
11122D 1H-15N HSQC
11223D HN(CA)CB
11323D C(CO)NH
11423D H(CCO)NH
11523D HNCO
11623D 1H-15N NOESY
11742D 1H-13C HSQC
11843D (H)CCH-COSY
11943D (H)CCH-TOCSY
12043D 1H-13C NOESY
12133D X-filtered 1H-13C NOESY
12243D X-filtered 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] RelE-1, 0.5 mM RelBc-2, 25 mM sodium phosphate-3, 500 mM sodium chloride-4, 1 mM DTT-5, 0.5 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM RelE-7, 0.5 mM [U-13C; U-15N] RelBc-8, 25 mM sodium phosphate-9, 500 mM sodium chloride-10, 1 mM DTT-11, 0.5 mM sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N] RelE-13, 0.5 mM RelBc-14, 25 mM sodium phosphate-15, 500 mM sodium chloride-16, 1 mM DTT-17, 0.5 mM sodium azide-18, 100% D2O100% D2O
40.5 mM RelE-19, 0.5 mM [U-13C; U-15N] RelBc-20, 25 mM sodium phosphate-21, 500 mM sodium chloride-22, 1 mM DTT-23, 0.5 mM sodium azide-24, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMRelE-1[U-13C; U-15N]1
0.5 mMRelBc-21
25 mMsodium phosphate-31
500 mMsodium chloride-41
1 mMDTT-51
0.5 mMsodium azide-61
0.5 mMRelE-72
0.5 mMRelBc-8[U-13C; U-15N]2
25 mMsodium phosphate-92
500 mMsodium chloride-102
1 mMDTT-112
0.5 mMsodium azide-122
0.5 mMRelE-13[U-13C; U-15N]3
0.5 mMRelBc-143
25 mMsodium phosphate-153
500 mMsodium chloride-163
1 mMDTT-173
0.5 mMsodium azide-183
0.5 mMRelE-194
0.5 mMRelBc-20[U-13C; U-15N]4
25 mMsodium phosphate-214
500 mMsodium chloride-224
1 mMDTT-234
0.5 mMsodium azide-244
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 296.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichautomated noe peak assignments
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichstructure analysis
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
VNMRVariancollection
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3341 / NOE intraresidue total count: 801 / NOE long range total count: 690 / NOE medium range total count: 720 / NOE sequential total count: 782 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 77 / Protein psi angle constraints total count: 77
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 1.402 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.588 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.353 Å / Torsion angle constraint violation method: CNS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.012 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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