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万見
- PDB-2kb5: Solution NMR Structure of Eosinophil Cationic Protein/RNase 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kb5
タイトルSolution NMR Structure of Eosinophil Cationic Protein/RNase 3
要素Eosinophil cationic protein
キーワードHYDROLASE / ribonuclease / Antibiotic / Antimicrobial / Endonuclease / Glycoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen ...induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eosinophil cationic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rico, M. / Bruix, M. / Laurents, D.V. / Santoro, J. / Jimenez, M. / Boix, E. / Moussaoui, M. / Nogues, M.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2009
タイトル: The (1)H, (13)C, (15)N resonance assignment, solution structure, and residue level stability of eosinophil cationic protein/RNase 3 determined by NMR spectroscopy
著者: Laurents, D.V. / Bruix, M. / Jimenez, M.A. / Santoro, J. / Boix, E. / Moussaoui, M. / Nogues, M.V. / Rico, M.
履歴
登録2008年11月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eosinophil cationic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5991
ポリマ－15,5991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Eosinophil cationic protein / ECP / Ribonuclease 3 / RNase 3


分子量: 15598.876 Da / 分子数: 1 / 変異: T97R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE3, ECP, RNS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P12724, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H COSY
1222D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1512D 1H-15N HSQC
1613D 1H-15N TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1833D HNCA
1933D HNCO
11023D HN(CO)CA
11133D HN(CA)CB
11233D CBCA(CO)NH
11333D (H)CCH-TOCSY
11433D HCCC-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-95% 15N] ECP, 50 mM potassium phosphate, traces DSS, <1 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-95% 15N] ECP, traces DSS, 50 mM potassium phosphate, <10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] ECP, traces DSS, 50 mM potassium phosphate, <10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMECP[U-95% 15N]1
50 mMpotassium phosphate1
%DSS1
1 mMpotassium chloride1
1 mMECP[U-95% 15N]2
%DSS2
50 mMpotassium phosphate2
10 mMsodium chloride2
1 mMECP[U-95% 13C; U-95% 15N]3
%DSS3
50 mMpotassium phosphate3
10 mMsodium chloride3
試料状態イオン強度: <0.1 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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