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- PDB-2ka6: NMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ka6
タイトルNMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex
要素
  • CREB-binding protein
  • Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / CBP/p300 / TAZ2 / STAT1 / transactivation domain / Bromodomain / Activator / Alternative splicing / Antiviral defense / Cytoplasm / Disease mutation / DNA-binding / Host-virus interaction / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / SH2 domain / Transcription / Transcription regulation / Acetylation / Chromosomal rearrangement / Metal-binding / Methylation / Transferase / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric mesenchymal cell differentiation / negative regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / renal tubule development / ISGF3 complex / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / response to interferon-beta ...metanephric mesenchymal cell differentiation / negative regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / renal tubule development / ISGF3 complex / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / response to interferon-beta / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / interleukin-27-mediated signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / germ-line stem cell population maintenance / CCR5 chemokine receptor binding / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / interleukin-9-mediated signaling pathway / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / tumor necrosis factor receptor binding / MRF binding / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / blood circulation / face morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / protein-lysine-acetyltransferase activity / Interleukin-20 family signaling / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / acetyltransferase activity / negative regulation of endothelial cell proliferation / ubiquitin-like protein ligase binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of interferon-alpha production / Regulation of IFNA/IFNB signaling / histone acetyltransferase complex / response to type II interferon / response to cAMP / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to mechanical stimulus / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / cellular response to interferon-beta / histone acetyltransferase / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of defense response to virus by host / response to cytokine / response to nutrient / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Downstream signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / protein phosphatase 2A binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / promoter-specific chromatin binding / ISG15 antiviral mechanism / response to hydrogen peroxide
類似検索 - 分子機能
signal transducer and activator of transcription 1 / Signal transducer and activation of transcription 1, TAZ2 binding domain, C-terminal / STAT1, SH2 domain / STAT1, C-terminal domain superfamily / STAT1 TAZ2 binding domain / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain ...signal transducer and activator of transcription 1 / Signal transducer and activation of transcription 1, TAZ2 binding domain, C-terminal / STAT1, SH2 domain / STAT1, C-terminal domain superfamily / STAT1 TAZ2 binding domain / CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix non-globular / SH2 domain / Special / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wojciak, J.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for recruitment of CBP/p300 coactivators by STAT1 and STAT2 transactivation domains.
著者: Wojciak, J.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7655
ポリマ－15,5692
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10527.567 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1764 to 1855 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbp, Crebbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta / Transcription factor ISGF-3 components p91/p84


分子量: 5041.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 710 to 750 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42224
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 15N] TAZ2, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: TAZ2 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 290 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software名称: Amber
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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