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万見
- PDB-2k9f: Structural features of the complex between the DsbD N-terminal an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9f
タイトルStructural features of the complex between the DsbD N-terminal and the PilB N-terminal domains from Neisseria meningitidis
要素
  • Thiol:disulfide interchange protein dsbD
  • Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein / docking / thioredoxin / immunoglobulin / DsbD / PilB / Electron transport / Multifunctional enzyme / Redox-active center / Transport / Cytochrome c-type biogenesis / Inner membrane / Membrane / NAD / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / protein-disulfide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / cytochrome complex assembly / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis ...L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / protein-disulfide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / cytochrome complex assembly / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / protein modification process / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbD / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain superfamily / DsbD gamma / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal / : / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain ...Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbD / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain superfamily / DsbD gamma / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal / : / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Thioredoxin-like domain / Mss4-like superfamily / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/MsrB / Thiol:disulfide interchange protein DsbD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsDocking using HADDOCK2.0 with ambiguous and unambiguous NMR restraints
データ登録者Quinternet, M. / Tsan, P. / Selme, L. / Jacob, C. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Cung, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Formation of the complex between DsbD and PilB N-terminal domains from Neisseria meningitidis necessitates an adaptability of nDsbD.
著者: Quinternet, M. / Tsan, P. / Selme-Roussel, L. / Jacob, C. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Cung, M.T.
履歴
登録2008年10月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thiol:disulfide interchange protein dsbD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0172
ポリマ－30,0172
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 15848.090 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 34-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A (髄膜炎菌)
遺伝子: msrAB, pilB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JWM8
#2: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein dsbD / Protein-disulfide reductase / Disulfide reductase


分子量: 14168.737 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 20-146 / Mutation: C102S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: dsbD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JYM0, protein-disulfide reductase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Docking using HADDOCK2.0 with ambiguous and unambiguous NMR restraints
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC
1513D CBCA(CO)NH
1623D CBCA(CO)NH
1733D CBCA(CO)NH
1843D CBCA(CO)NH
1913D HNCO
11023D HNCO
11133D HNCO
11243D HNCO
11313D HNCA
11423D HNCA
11533D HNCA
11643D HNCA
11713D HN(CA)CB
11823D HN(CA)CB
11933D HN(CA)CB
12043D HN(CA)CB
12113D HN(CO)CA
12223D HN(CO)CA
12333D HN(CO)CA
12443D HN(CO)CA
12533D HNHA
12643D HNHA
12733D (H)CCH-TOCSY
12843D (H)CCH-TOCSY
12933D 1H-15N NOESY
13043D 1H-15N NOESY
13133D 1H-13C NOESY
13243D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM [U-13C; U-15N; U-2H] NterPilB, 0.75 mM nDsbD, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75 mM [U-13C; U-15N; U-2H] nDsbD, 0.75 mM NterPilB, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NterPilB, 0.75 mM nDsbD, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] nDsbD, 0.75 mM NterPilB, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMNterPilB[U-13C; U-15N; U-2H]1
0.5 mMnDsbD1
20 mMpotassium phosphate1
0.5 mMnDsbD[U-13C; U-15N; U-2H]2
0.5 mMNterPilB2
20 mMpotassium phosphate2
0.5 mMNterPilB[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.5 mMnDsbD3
20 mMpotassium phosphate3
0.5 mMnDsbD[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.5 mMNterPilB4
20 mMpotassium phosphate4
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
HADDOCK2Bonvin AmJJ構造決定
HADDOCK2Bonvin AmJJ精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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