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万見
- PDB-2k7r: N-terminal domain of the Bacillus subtilis helicase-loading prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k7r
タイトルN-terminal domain of the Bacillus subtilis helicase-loading protein DnaI
要素Primosomal protein dnaI
キーワードREPLICATION / DnaI N-terminal domain / helicase-loading protein / ATP-binding / DNA replication / Nucleotide-binding / Primosome
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal DnaI, N-terminal / Primosomal protein DnaI N-terminus / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Primosomal protein DnaI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsThe helicase loader protein DnaI (the Bacillus subtilis homologue of Escherichia coli DnaC) is ...The helicase loader protein DnaI (the Bacillus subtilis homologue of Escherichia coli DnaC) is required to load the hexameric helicase DnaC (the B. subtilis homologue of E. coli DnaB) onto DNA at the start of replication
データ登録者Loscha, K.V. / Jaudzems, K. / Ioannou, C. / Su, X.C. / Hill, F.R. / Otting, G. / Dixon, N.E. / Liepinsh, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: A novel zinc-binding fold in the helicase interaction domain of the Bacillus subtilis DnaI helicase loader
著者: Loscha, K.V. / Jaudzems, K. / Ioannou, C. / Su, X.C. / Hill, F.R. / Otting, G. / Dixon, N.E. / Liepinsh, E.
履歴
登録2008年8月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein dnaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6092
ポリマ－12,5431
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Primosomal protein dnaI


分子量: 12543.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: dnaI, ytxA, BSU28980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06567
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The helicase loader protein DnaI (the Bacillus subtilis homologue of Escherichia coli DnaC) is required to load the hexameric helicase DnaC (the B. subtilis homologue of E. coli DnaB) onto ...詳細: The helicase loader protein DnaI (the Bacillus subtilis homologue of Escherichia coli DnaC) is required to load the hexameric helicase DnaC (the B. subtilis homologue of E. coli DnaB) onto DNA at the start of replication
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D HNHA
1312D 1H-1H NOESY
1412D DQF-COSY
1512D 1H-1H TOCSY
1612D 1H-15N HSQC
1712D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.5mM [U-95% 15N] DnaI, 0.5mM zinc ion, 10% [U-99% 2H] D2O, 90% H2O, 10mM sodium phosphate, 0.1% sodium azide, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDnaI[U-95% 15N]1
0.5 mMZINC ION1
10 %D2O[U-99% 2H]1
90 %H2O1
10 mMsodium phosphate1
0.1 %sodium azide1
100 mMsodium chloride1
1 mMDTT1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter, Wuthrichデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss, Thoデータ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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