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万見
- PDB-2k72: Solution NMR structure of toxin-like potassium channel blocking d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k72
タイトルSolution NMR structure of toxin-like potassium channel blocking domain in MMP23
要素Matrix metalloproteinase-23
キーワードHYDROLASE / toxin / metalloprotease / MMP23 / potassium channel / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Membrane / Metal-binding / Signal-anchor / Transmembrane / Zinc / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Matrix metalloproteinase-23 / ShK toxin domain / ShK domain-like / ShKT domain / ShKT domain profile. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase ...Matrix metalloproteinase-23 / ShK toxin domain / ShK domain-like / ShKT domain / ShKT domain profile. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix metalloproteinase-23
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Khoo, K.K. / Feng, Z. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Potassium channel modulation by a toxin domain in matrix metalloprotease 23.
著者: Rangaraju, S. / Khoo, K.K. / Feng, Z.P. / Crossley, G. / Nugent, D. / Khaytin, I. / Chi, V. / Pham, C. / Calabresi, P. / Pennington, M.W. / Norton, R.S. / Chandy, K.G.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4421
ポリマ－4,4421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Matrix metalloproteinase-23 / MMP-23 / Matrix metallopeptidase 23 / Metalloprotease in the female reproductive tract / MIFR


分子量: 4442.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 254-290 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide MMP23-BgK with the sequence based on the residues 254-290 of Rattus norvegicus matrix metalloproteinase-23, UniProt entry O88272, MMP23_RAT
参照: UniProt: O88272, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
2312D DQF-COSY
2412D 1H-13C HSQC
2512D 1H-15N HSQC
1622D 1H-1H TOCSY
1722D 1H-1H NOESY
2812D 1H-1H TOCSY
2912D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.25 mM MMP23-BgK, 94% H2O/6% D2O94% H2O/6% D2O
22.2 mM MMP23-BgK, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
2.25 mMMMP23-BgK1
2.2 mMMMP23-BgK2
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.00 ambient 278 K
25.00 ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
XEASY1.3.13Bartels et al.解析
XEASY1.3.13Bartels et al.collection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 2 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 17
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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