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万見
- PDB-2k71: Structure and dynamics of a DNA GNRA hairpin solved vy high-sensi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k71
タイトルStructure and dynamics of a DNA GNRA hairpin solved vy high-sensitivity NMR with two independent converging methods, simulated annealing (DYANA) and mesoscopic molecular modelling (BCE/AMBER)
要素5'-D(*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DC)-3'
キーワードDNA / tetraloop hairpin / B-DNA-like / 2 non canonical torsions / unusual BIIz+ torsions
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, Biopolymer Chain Elasticity approach
Model detailsDNA GNRA tetraloop structure
データ登録者Santini, G.P.H. / Cognet, J.A.H. / Xu, D. / Singarapu, K.K. / Herve du Penhoat, C.L.M.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2009
タイトル: Nucleic acid folding determined by mesoscale modeling and NMR spectroscopy: solution structure of d(GCGAAAGC).
著者: Santini, G.P. / Cognet, J.A. / Xu, D. / Singarapu, K.K. / Herve du Penhoat, C.
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4611
ポリマ－2,4611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 101structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DAP*DGP*DC)-3'


分子量: 2460.644 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA GNRA hairpin / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: DNA GNRA tetraloop structure
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-31P COSY
1412D 1H-1H NOESY
2522D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
14 mM dGCGAAAGC, 10 mM sodium phosphate, 0.0025 mM sodium azide, 0.005 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
24 mM dGCGAAAGC, 10 mM sodium phosphate, 0.0025 mM sodium azide, 0.005 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
4 mMdGCGAAAGC1
10 mMsodium phosphate1
0.0025 mMsodium azide1
0.005 mMEDTA1
50 mMsodium chloride1
4 mMdGCGAAAGC2
10 mMsodium phosphate2
0.0025 mMsodium azide2
0.005 mMEDTA2
50 mMsodium chloride2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.8ambient 298 K
2506.8ambient 274 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian UnityVarianUNITY4002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
PROSAGuntertデータ解析
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisualisation
精密化手法: simulated annealing, Biopolymer Chain Elasticity approach
ソフトェア番号: 1
詳細: 100 structures were used in DYANA simulated annealing approach to give models 1 to 20 that were energy-refined with AMBER, Model number 21 was constructed with the BCE approach in agreement ...詳細: 100 structures were used in DYANA simulated annealing approach to give models 1 to 20 that were energy-refined with AMBER, Model number 21 was constructed with the BCE approach in agreement with the NMR data and then energy-refined with AMBER
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 101 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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