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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k71 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure and dynamics of a DNA GNRA hairpin solved vy high-sensitivity NMR with two independent converging methods, simulated annealing (DYANA) and mesoscopic molecular modelling (BCE/AMBER) | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / tetraloop hairpin / B-DNA-like / 2 non canonical torsions / unusual BIIz+ torsions | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, Biopolymer Chain Elasticity approach | Model details | DNA GNRA tetraloop structure | ![]() Santini, G.P.H. / Cognet, J.A.H. / Xu, D. / Singarapu, K.K. / Herve du Penhoat, C.L.M. | ![]() ![]() タイトル: Nucleic acid folding determined by mesoscale modeling and NMR spectroscopy: solution structure of d(GCGAAAGC). 著者: Santini, G.P. / Cognet, J.A. / Xu, D. / Singarapu, K.K. / Herve du Penhoat, C. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2460.644 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA GNRA hairpin / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: DNA GNRA tetraloop structure | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, Biopolymer Chain Elasticity approach ソフトェア番号: 1 詳細: 100 structures were used in DYANA simulated annealing approach to give models 1 to 20 that were energy-refined with AMBER, Model number 21 was constructed with the BCE approach in agreement ...詳細: 100 structures were used in DYANA simulated annealing approach to give models 1 to 20 that were energy-refined with AMBER, Model number 21 was constructed with the BCE approach in agreement with the NMR data and then energy-refined with AMBER | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 101 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |