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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5k
タイトルSolution structure of RhR2 from Rhodobacter Sphaeroides. Northeast Structural Genomics Consortium
要素uncharacterized protein RhR2
キーワードstructural genomics / unknown function / RhR2 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Succinate dehydrogenase assembly factor 4 / Protein of unknown function (DUF1674) / DUF1674 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThe results from one bond HN-N NOEs, CSI analysis, residual dipolar couplings, and correlation time ...The results from one bond HN-N NOEs, CSI analysis, residual dipolar couplings, and correlation time measurement on the protein indicated that extensive parts of the C and N terminal regions of the RhR2 protein are highly disordered. The resonances for R26, R27, and R28 were not assigned due to signal overlap; therefore no restraints were used for this region. The ordered regions of the calculated RhR2 structure are residues 15 to 25 (four turn helix) and 28 to 31 (one turn helix).
データ登録者Lee, H. / Bansal, S. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Lee, H. / Bansal, S. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of RhR2
著者: Lee, H. / Bansal, S. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2008年6月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein RhR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2191
ポリマ－8,2191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein RhR2


分子量: 8219.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
生物種: sphaeroides / 株: XL10 / 遺伝子: RHOS4_27210, RSP_1104 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3IYU5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D 1H-13C NOESY
11122D 1H-15N HSQCTROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.87 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RhR2, 0.2 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O
20.74 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RhR2, 0.2 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 8 % Pentaethylene glycol monodecyl ether, 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.87 mMRhR2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.2 %sodium azide1
100 mMDTT1
5 mMCaCl21
100 mMsodium chloride1
20 mMMES1
0.74 mMRhR2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.2 %sodium azide2
100 mMDTT2
5 mMCaCl22
100 mMsodium chloride2
20 mMMES2
8 %Pentaethylene glycol monodecyl ether2
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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