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万見
- PDB-2k4z: Solution NMR Structure of Allochromatium vinosum DsrR: Northeast ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4z
タイトルSolution NMR Structure of Allochromatium vinosum DsrR: Northeast Structural Genomics Consortium Target OP5
要素DsrR
キーワードstructural genomics / unknown function / IscA/SufA/HesB like fold / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis / Sandwich / Mainly Beta / DsrR
機能・相同性情報
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Cort, J.R. / Dahl, C. / Grimm, F. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the IscA-like Protein DsrR Involved in Sulfur Oxidation in Allochromatium vinosum
著者: Dahl, C. / Cort, J.R. / Grimm, F.
履歴
登録2008年6月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DsrR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7481
ポリマ－13,7481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40fewest restraint violations, lowest energy, best geometry
代表モデルモデル #1close to the average, good geometry

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要素

#1: タンパク質 DsrR


分子量: 13748.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
生物種: vinosum / 遺伝子: dsrR / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F299

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-13C HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1333D CBCA(CO)NH
1433D HN(CA)CB
1533D (H)CCH-TOCSY
1633D HNCO
1733D C(CO)NH
1833D HBHA(CO)NH
1933D (H)CCH-COSY
11033D 1H-15N NOESY
11133D 1H-13C NOESY
11224D 1H-13C-13C-1H HMQC NOESY
11312D 1H-13C HSQC
11422D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] DsrR, 93 % H2O, 7 % D2O, 50 mM Tris HCl, 500 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DsrR, 100 % D2O, 50 mM Tris HCl, 500 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DsrR, 93 % H2O, 7 % D2O, 50 mM Tris HCl, 500 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDsrR[U-10% 13C; U-100% 15N]1
93 %H2O1
7 %D2O1
50 mMTris HCl1
500 mMsodium chloride1
5 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
1 mMDsrR[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 %D2O2
50 mMTris HCl2
500 mMsodium chloride2
5 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
1 mMDsrR[U-100% 13C; U-100% 15N]3
93 %H2O3
7 %D2O3
50 mMTris HCl3
500 mMsodium chloride3
5 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
試料状態イオン強度: 625 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: final refinement done in explicit solvent
代表構造選択基準: close to the average, good geometry
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: fewest restraint violations, lowest energy, best geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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