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万見
- PDB-2k4v: Solution structure of uncharacterized protein PA1076 from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4v
タイトルSolution structure of uncharacterized protein PA1076 from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target PaT3, Ontario Center for Structural Proteomics target PA1076 .
要素uncharacterized protein PA1076
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性Domain of unknown function DUF5064 / Protein of unknown function DUF5064 / Domain of unknown function (DUF5064) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Acetyl-CoA carboxylase alpha subunit
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gutmanas, A. / Lemak, A. / Fares, C. / Yee, A. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of uncharacterized protein PA1076 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Gutmanas, A. / Lemak, A. / Fares, C. / Yee, A. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2011
タイトル: A novel strategy for NMR resonance assignment and protein structure determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年6月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein PA1076


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2341
ポリマ－14,2341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein PA1076


分子量: 14233.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種: aeruginosa / 遺伝子: PA1076 / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / Variant (発現宿主): star magic / 参照: UniProt: Q9I4Q3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HBHA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11313D 1H-13C aromatic NOESY
11413D H(C)CH-TOCSY aromatic
11513D (H)CCH-TOCSY aromatic
1161T1rho array
11713D IPAP E-COSY HNCO
11813D IPAP E-COSY HNCO
NMR実験の詳細Text: 5 mm Shigemi tube Most 3D spectra collected using non-uniform sampling and processed with MDDNMR

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試料調製

詳細内容: 0.7-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PA1076, 1x inhibitor cocktail (purchased from Roche), 10 mM [U-2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMPA1076[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS[U-2H]1
300 mMsodium chloride1
0.01 %sodium azide1
1 mMbenzamidine1
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis1.4CCPNpeak picking
CcpNmr Analysis1.4CCPNchemical shift assignment
MddNMR1.2cV. Orekhov, I. Ibraghimov解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
ABACUSA. Lemakchemical shift assignment
ABACUSA. Lemaknoe assignment
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refinement with RDC constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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